私は次のスクリプトを書いた。
#!/bin/bash
SINGLE=`cut -c 7-13 Data.txt`
cd ../FASTA_SEC_EDITED/
for i in ${SINGLE}; do
if [[ -r "${i}_Forward_Trimmed.fa" && -r ../REVERSE_COMP/"${i}_Reverse_RevComp.fa"]]
then
cp ${i}_Forward_Trimmed.fa ../Aling/Input_Muscle/${i}_Input.fa >> ../REVERSE_COMP/${i}_Reverse_RevComp.fa
usr/bin/muscle3.8.31_i86linux64 -in ../Aling/Input_Muscle/${i}_Input.fa -out ../Align/${i}_CONSENSUS.fa
else
echo "Does not exist"
fi
done
しかし、if文に問題があるようです。 Bash は次のエラーを返します。
muscle_test.sh: line 8: syntax error in conditional expression
muscle_test.sh: line 9: syntax error near `then'
muscle_test.sh: line 9: ` then'
ofにAND演算子を書こうと思いましたが、大丈夫だと思います。そこに何が問題なのかよくわかりません。どんなアイデアがありますか?
ありがとう
答え1
支柱の前のスペースを閉めるのを忘れてしまったようです。これは
if [[ -r "${i}_Forward_Trimmed.fa" && -r ../REVERSE_COMP/"${i}_Reverse_RevComp.fa" ]]