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各行が終了するまで、各行のフィールド値を前のフィールドの値に置き換えます。

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各行が終了するまで、各行のフィールド値を前のフィールドの値に置き換えます。

列6と7が対立遺伝子AとBの次の形式のファイルがあります。私がしなければならないことは、6列と7列の対立遺伝子に基づいて9列とそれ以降の内容を変更することだけです。 9列フィールドの値が0の場合は6列に置き換え、2の場合は7列に置き換えます。 -1の場合はそのままにし、1は6/7列で表示する必要があります。各行が終了するまで、すべてのフィールドに対してこの操作を繰り返す必要があります。参考のために、これらの行のいくつかを下に貼り付けました。 1行あたり約130のフィールドがあります。

Probe Set ID    Affy SNP ID     Chromosome      Physical Position       Flank   Allele A        Allele B        probeset_id     SunOleic97R     NC94022 S1      S2      S3      S4      S9      S11     S14 
AX-147208720    Affx-152069361  Aradu.A01       5066618 TTTCTTGGCGGCATTGCTGATTTCTTATCATCCAA[A/G]CCATTCTTCTTTGTGTCAGGGTGGAATCTAAAATT     A       G       AX-147208720    0       2       0       0       2
AX-147209428    Affx-152065184  Aradu.A01       9154456 TAGCTGTTGACATGTCAATTGCTAAGGGAGAGTCC[C/T]TTGGAAAGCCCTACATCATTCATCAAATCATTCTC     T       C       AX-147209428    2       0       2       0       0
AX-147209429    Affx-152069061  Aradu.A01       9155638 TCAGCAAATGAACCTCTTAAGAAACCAATTCGGTC[A/G]TTGCTTATCACTAAGCTTTCAATCCCTTTCACTGG     A       G       AX-147209429    2       0       2       0       0
AX-147209430    Affx-152031763  Aradu.A01       9157305 CGGCGCTCTAAAATCCAGATAACAACTCCAACAAC[C/T]AAGAAAAAGGTTGCTGTGACAAACCACATCATTGG     T       C       AX-147209430    2       0       2       0       0
AX-147209432    Affx-152067683  Aradu.A01       9205209 CCCTTAATTGGGGAAGAGAGTTGTTCCACTGTGAG[A/G]ATTGATGTTAGGCTTGCAATGTAGCTTGAATTCAG     A       G       AX-147209432    2       0       2       0       0
AX-147209600    Affx-152035192  Aradu.A01       9873259 CTCCTTCTCTCGGTTTCCAAGACAAAAGAAAGACA[A/G]ATATCTTTTAAGATCTTCCTCAGTTTTGTTCTCCC     A       G       AX-147209600    2       0       0       0       0
AX-147209601    Affx-152067325  Aradu.A01       9873427 TGGCCACATTGGAACCACAACATACACAGTGAAGT[C/T]TTGCTTAGCTTTAATCTTGCTAACAATTTTAAGTG     T       C       AX-147209601    2       0       0       0       0
AX-147209615    Affx-152066978  Aradu.A01       9974460 AAAACTCACAATTCTTCTTTGATGATCTGAGTCCT[C/T]TCCATTTGACAATTTAGCATCCACCACCACAATCT     T       C       AX-147209615    0       2       2       2       2

最初は、次を使用して列9の値に基づいてフィールド値を変更しようとしました。

awk '{if ($9 == 0) print $9 == $6}; 1' file.txt |less -S

ソースファイルは変更されません。誰でも私を助けることができますか？

答え1

段階的にやろう

9列（$ i）フィールドの値が0の場合は、6列に置き換えます。

if ( $i == 0 ) $i=$6 ;

2の場合は7列に置き換えます。

if ( $i == 2 ) $i=$7 ;

-1の場合はそのまま維持する必要があります。

#

1は6/7列にラベルを付ける必要があります。

if ( $i == 1 ) $i=$6 "/" $7 ;

各行が終了するまで、各フィールドのすべてのフィールドに対してこの操作を繰り返す必要があります。

NR>1  {for(i=9;i<=NF;i++)
        {  } ## ifs ;
       ## for loop is done
       print ; ## print to be done at end of loop.
       }

すべてを一度に、

これらすべての行をファイルに入れますa.awk

NR>1  {for(i=9;i<=NF;i++)
        { if ( $i == 0 ) $i=$6 ;
          if ( $i == 2 ) $i=$7 ;
          if ( $i == 1 ) $i=$6 "/" $7 ;
       } ## if ;
       ## for loop is done
       print ;
       }

どこ

  • NF「フィールド数」の内蔵機能です。
  • print印刷する

サンプルデータの使用

awk -f a.awk sample.txt 
AX-147208720 Affx-152069361 Aradu.A01 5066618 TTTCTTGGCGGCATTGCTGATTTCTTATCATCCAA[A/G]CCATTCTTCTTTGTGTCAGGGTGGAATCTAAAATT A G AX-147208720 A G A A G
AX-147209428 Affx-152065184 Aradu.A01 9154456 TAGCTGTTGACATGTCAATTGCTAAGGGAGAGTCC[C/T]TTGGAAAGCCCTACATCATTCATCAAATCATTCTC T C AX-147209428 C T C T T
AX-147209429 Affx-152069061 Aradu.A01 9155638 TCAGCAAATGAACCTCTTAAGAAACCAATTCGGTC[A/G]TTGCTTATCACTAAGCTTTCAATCCCTTTCACTGG A G AX-147209429 G A G A A
AX-147209430 Affx-152031763 Aradu.A01 9157305 CGGCGCTCTAAAATCCAGATAACAACTCCAACAAC[C/T]AAGAAAAAGGTTGCTGTGACAAACCACATCATTGG T C AX-147209430 C T C T T
AX-147209432 Affx-152067683 Aradu.A01 9205209 CCCTTAATTGGGGAAGAGAGTTGTTCCACTGTGAG[A/G]ATTGATGTTAGGCTTGCAATGTAGCTTGAATTCAG A G AX-147209432 G A G A A
AX-147209600 Affx-152035192 Aradu.A01 9873259 CTCCTTCTCTCGGTTTCCAAGACAAAAGAAAGACA[A/G]ATATCTTTTAAGATCTTCCTCAGTTTTGTTCTCCC A G AX-147209600 G A A A A
AX-147209601 Affx-152067325 Aradu.A01 9873427 TGGCCACATTGGAACCACAACATACACAGTGAAGT[C/T]TTGCTTAGCTTTAATCTTGCTAACAATTTTAAGTG T C AX-147209601 C T T T T
AX-147209615 Affx-152066978 Aradu.A01 9974460 AAAACTCACAATTCTTCTTTGATGATCTGAGTCCT[C/T]TCCATTTGACAATTTAGCATCCACCACCACAATCT T C AX-147209615 T C C C C

awkは元のファイルを編集しません。以下を使用する必要があります。

awk -f a.awk file1.txt > file2.txt
cp file2.txt file1.txt
rm file2.txt

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