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.csh 環境にソフトウェアをインストールする

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.csh 環境にソフトウェアをインストールする

というプログラムをインストールしようとしています。羽cshベースのHPC環境。 bash環境に正常にインストールしました。通常、bash環境では次のコマンドを使用して設定します。

./configure --prefix=/home1/GroupAN/kirtika/softwares/plumed/ CC=/home1/GroupAN/kirtika/libraries/bin/mpicc CXX=/home1/GroupAN/kirtika/libraries/bin/mpicxx FC=/home1/GroupAN/kirtika/libraries/bin/mpifort

csh環境でこれを試しました。

setenv mpicc /opt/mvapich2-1.8/intel/bin/mpicc
setenv mpicxx /opt/mvapich2-1.8/intel/bin/mpicxx
setenv mpifort /opt/mvapich2-1.8/intel/bin/mpifort
setenv plumedir /home1/GroupAN/kirtika/softwares/plumed/

./configure --prefix=$plumedir CC=$mpicc CXX=$mpicxx FC=$mpifort

動作しません。エラーは次のとおりです。

configure: error: in `/home/phd/16/mbukirt/plumed-2.2.3':
configure: error: C++ compiler cannot create executables  [1]: http://www.plumed.org/

誰かがこの問題を解決するのに役立つことができれば良いでしょう。また、csh環境用にこれらの行をどのように設定しますか？私が考えることができるのはexportそれを次に変えるだけだ。setenv

export PATH="/home/phd/16/mbukirt/plumed-2.2.3/src/lib/:$PATH"
export LIBRARY_PATH="/home/phd/16/mbukirt/plumed-2.2.3/src/lib/:$LIBRARY_PATH"
export LD_LIBRARY_PATH="/home/phd/16/mbukirt/plumed-2.2.3/src/lib/:$LD_LIBRARY_PATH"
export DYLD_LIBRARY_PATH="/home/phd/16/mbukirt/plumed-2.2.3/src/lib/:$DYLD_LIBRARY_PATH"
export PLUMED_KERNEL="/home/phd/16/mbukirt/plumed-2.2.3/src/lib/libplumedKernel.so"

答え1

実際のエラーはconfig.logファイルに隠されています。

MPI コンパイラmpiccとmpicxx(それぞれ C および C++ の場合) 実際のコンパイラ周辺の「ラッパー」です。ラッパーが行うことは、適切なフラグを使用してコンパイラーを呼び出すことです。

mpicxxコンパイララッパーがコンパイラicpc（Intel C ++コンパイラなど）を見つけられないようです。これは次config.logのように表示されます。

/opt/mvapich2-1.8/intel/bin/mpicxx: line 273: icpc: command not found

この問題を解決するには、システム管理者に連絡して、MPI のインストールが正しく構成されていないか、一部のソフトウェア モジュールがロードできなかったかどうかを確認してください。

質問の2番目の部分については、

sh-スタイルexportコマンド

export DYLD_LIBRARY_PATH="/home/phd/16/mbukirt/plumed-2.2.3/src/lib/:$DYLD_LIBRARY_PATH"

setenv次のように書くことができます

setenv DYLD_LIBRARY_PATH "/home/phd/16/mbukirt/plumed-2.2.3/src/lib/:$DYLD_LIBRARY_PATH"

in csh（他のコマンドラインに似ていますexport）。 =.

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