☰

<(gunzip...) を使用したプロセスの置換が失敗する

tag-icon • tag-icon gzip process-substitution
<(gunzip...) を使用したプロセスの置換が失敗する

次のコードは次を返します。近くの構文エラー(

#!/bin/bash
myprogram -i <(gunzip -c file.gz) -j <(gunzip -c file2.gz)

かっこが好きではないようです。このスクリプトをどのように機能させることができますか？ Linuxシェルで同じコマンドを実行すると機能します。スクリプト内のコマンドを使用してスクリプトを実行しようとすると失敗します。保護支柱が必要ですか？

スクリプトの外部で動作する正確なコマンドライン（コマンドライン）は次のとおりです。

 kaiju -z 1 -a greedy -m 5 -s 70 -x \
   -t /db/kaiju/nodes.dmp -f /db/kaiju/kaiju_db_nr_euk.fmi \
   -i <(gunzip -c files/mapped_reads_to_extracted_marker_genes/1/1.1.1.bin.13.genes.fa.R1.fq.gz) \
   -j <(gunzip -c files/mapped_reads_to_extracted_marker_genes/1/1.1.1.bin.13.genes.fa.R2.fq.gz)

キューが長くてすみません（kaijuは生物情報学のためのオープンソースプログラムです）。スクリプト内で上記のエラーが原因で失敗します。

bash --version
GNU bash, version 4.1.2(1)-release (x86_64-redhat-linux-gnu)
Copyright (C) 2009 Free Software Foundation, Inc.
License GPLv3+: GNU GPL version 3 or later <http://gnu.org/licenses/gpl.html>

スクリプトを実行する方法は./script.shまたはですbash script.sh。私chmod +xもこのスクリプトを実行しました。どのように書くのか知っていますか？

関連情報