これはやや重複した質問です(参照:私のディレクトリにインストールされているRのPATHをどのように設定しますか?)しかし、新しいバージョンのRでいくつかの新しい問題に直面しました。
私のディレクトリに新しいバージョンのR(R 3.3.1)をインストールしようとしています。以前のインストールプロセスに従いました。
ところが以前に経験していなかった問題にぶつかりました。
./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1
.......
checking for zlib.h... yes
checking if zlib version >= 1.2.5... no
checking whether zlib support suffices... configure: error: zlib library and headers are required
zlibのバージョンが低すぎるようで、現在zlibのバージョンをインストールしました。
tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
./configure --prefix=$HOME/Programme/zlib-1.2.11
make && make install
次に、次のようにRを再設定してみました。
./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include"
それでも同じエラーが発生します。
checking if zlib version >= 1.2.5... no
checking whether zlib support suffices... configure: error: zlib library and headers are required
それから誰かが気づきました。Rの設定ファイルを修正してこの問題を回避してください。
私はzlibエラーを解決するためにその例に従いました。しかし、別のエラーが発生しました。簡単に言えば、別の依存ライブラリをインストールしました。
tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
./configure --prefix=$HOME$Programme/zlib-1.2.11
make && make install
tar zxvf bzip2-1.0.6.tar.gz
cd bzip2-1.0.6
make -f Makefile-libbz2_so
make clean
# modify the Makefile (original: CC=gcc after modification: CC=gcc -fPIC) as suggested [here][2]
make
make install PREFIX=/opt/bzip2-1.0.6
tar zxvf xz-5.2.3.tar.gz
cd /root/xz-5.2.3
./configure --prefix=$HOME/Programme/xz-5.2.3
make -j3
make install
tar zxvf pcre-8.40.tar.gz
cd /root/pcre-8.40
./configure --prefix=$HOME/Programme/pcre-8.40 --enable-utf8
make -j3 && make install
tar zxvf curl-7.52.1.tar.gz
cd /root/curl-7.52.1
./configure --prefix=$HOME/Programme/curl-7.52.1
make && make install
./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L/$HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L/$HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L/$HOME/Programme/curl-7.52.1/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include -I/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/include -I/$HOME/Programme/xz-5.2.3/include -I/$HOME/Programme/pcre-8.40/include -I/$HOME/Programme/curl-7.52.1/include"
設定が機能しているようです。
R is now configured for x86_64-pc-linux-gnu
Source directory: .
Installation directory: $HOME/Programme/R-3.3.1
C compiler: gcc -std=gnu99 -g -O2
Fortran 77 compiler: gfortran -g -O2
C++ compiler: g++ -g -O2
C++11 compiler: g++ -std=c++0x -g -O2
Fortran 90/95 compiler: gfortran -g -O2
Obj-C compiler:
Interfaces supported: X11, tcltk
External libraries: readline, curl
Additional capabilities: PNG, JPEG, NLS, cairo, ICU
Options enabled: shared R library, shared BLAS, R profiling
Capabilities skipped: TIFF
Options not enabled: memory profiling
Recommended packages: yes
しかし、私が電話するとき
make && make install
最後まで「make」が完了しないまで:
...
gcc -std=gnu99 -Wl,--export-dynamic -fopenmp -L../../lib -L//HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L//HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L//HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L//HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L//HOME/Programme/curl-7.52.1/lib -o R.bin Rmain.o -lR -lRblas
/usr/bin/ld: warning: libpcre.so.1, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
/usr/bin/ld: warning: liblzma.so.5, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_fullinfo'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_lzma_preset@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_alone_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_crc64@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_raw_encoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_config'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_code@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_stream_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_free'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_raw_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_exec'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_version_string@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_maketables'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_stream_encoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_compile'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_study'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_version'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_end@XZ_5.0'
collect2: error: ld returned 1 exit status
...
make: *** [R] Error 1
フォローアップ:thrigが提案したように、.cshrcファイルに次の行を追加しました。
setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/pcre-8.40/lib
setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/xz-5.2.3/lib
そして
source .cshrc
問題が解決しました!
答え1
上記の問題に対する解決策です
フォローするR 構成ファイルの変更例 それから:
tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
./configure --prefix=$HOME/Programme/zlib-1.2.11
make && make install
tar zxvf bzip2-1.0.6.tar.gz
cd bzip2-1.0.6
make -f Makefile-libbz2_so
make clean
提案されているようにMakefileを変更します(ソース:CC = gcc、修正:CC = gcc -fPIC)。ここ
make
make install PREFIX=$HOME/Programme/bzip2-1.0.6
tar zxvf xz-5.2.3.tar.gz
cd xz-5.2.3
./configure --prefix=$HOME/Programme/xz-5.2.3
make -j3
make install
tar zxvf pcre-8.40.tar.gz
cd pcre-8.40
./configure --prefix=$HOME/Programme/pcre-8.40 --enable-utf8
make -j3 && make install
tar zxvf curl-7.52.1.tar.gz
cd curl-7.52.1
./configure --prefix=$HOME/Programme/curl-7.52.1 --with-ssl
make && make install
./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L/$HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L/$HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L/$HOME/Programme/curl-7.52.1/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include -I/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/include -I/$HOME/Programme/xz-5.2.3/include -I/$HOME/Programme/pcre-8.40/include -I/$HOME/Programme/curl-7.52.1/include"
私の.cshrcファイルに次の行を追加しました。
setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/pcre-8.40/lib
setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/xz-5.2.3/lib
そして
source .cshrc
これでR-3.3.1ディレクトリに移動します。
make && make install
動作する必要があります。