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データ用の複数のプロファイルの作成

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データ用の複数のプロファイルの作成

pair.eg Sample_27931_RN​​AX_形式のデータファイルがあります。R1.fastq.gz と FASTQ/Sample_27931_RN​​ AX_R2.fastq.gz はサンプルに属します。以下に、それぞれR1とR2のペアを持つ3つのサンプルのデータを示します。

分析を実行するために個別にパスリストを作成しました。したがって、list1にはすべてのR1が含まれ、list2にはすべてのR2が含まれます。

以下は3つのサンプルのリストです。 1

$TMPDIR/FASTQ/Sample_27931_RNAX_R1.fastq.gz 
$TMPDIR/FASTQ/Sample_28891_RNAX_R1.fastq.gz 
$TMPDIR/FASTQ/Sample_28897_RNAX_R1.fastq.gz

以下は3つのサンプルのリストです。 2

$TMPDIR/FASTQ/Sample_27931_RNAX_R2.fastq.gz
$TMPDIR/FASTQ/Sample_28891_RNAX_R2.fastq.gz
$TMPDIR/FASTQ/Sample_28897_RNAX_R2.fastq.gz

各例（合計3つ）の構成ファイルを生成したいと思います。各例ごとに別々の構成ファイルを生成する必要があります。

たとえば、サンプル構成ファイルは次のようになります。

**fastq1        = $TMPDIR/FASTQ/Sample_27931_RNAX_R1.fastq.gz**
**fastq2        = $TMPDIR/FASTQ/Sample_27931_RNAX_R2.fastq.gz**

mailto         = [email protected]
thread_no      = 8

detect_integration = yes   # if no is provided, VirusFinder will not detect virus integrations
detect_mutation    = no   # if no is provided, VirusFinder will not detect viral mutations

fastq1およびfastq2パラメーターはlist1とlist2のパスに変更する必要がありますが、残りは同じままです。 list1とlist2を使って複数の設定ファイルを作成するには？構成ファイルの名前はサンプル名から自動的に取得する必要があります。たとえば、Sample_27931_RN​​ AXの場合は、Sample_27931_RN​​ AX.config.txtです。同様の投稿への提案やリンクがあれば良いです。同様の投稿が見つかりません。

ありがとう、

ロン

答え1

#!/bin/bash
while IFS= read -r samp1; do

b=${samp1%_R1.fastq.gz} samp2=${b}_R2.fastq.gz

cat - <<eof > "${b##*/}.cfg"
**fastq1        = $samp1**
**fastq2        = $samp2**

mailto         = [email protected]
thread_no      = 8

detect_integration = yes  # if no is provided, VirusFinder will not detect virus integrations
detect_mutation    = no   # if no is provided, VirusFinder will not detect viral
eof
done < LIST1

最初のサンプル自体から2番目のサンプルfastqの名前を組み合わせることができるので、List2は実際には必要ありません。

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