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その列の各値に対して行を繰り返す方法

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その列の各値に対して行を繰り返す方法

すべての対応する値に対して行を繰り返したい。どんな助けでも

私の入力ファイルは次のとおりです

    pos     COL1  COL2  COL3
    18691441    C   A   G
    18691572    G   C   G
    18691620    A   T   G
    18691716    C   G   C

私はこの出力が欲しい

pos COL1    
18691441    COL1 C  
18691441    COL2 A  
18691441    COL3 G  
18691572    COL1 G  
18691572    COL2 C  
18691572    COL3 G  
18691620    COL1 A  
18691620    COL2 T  
18691620    COL3 G  
18691716    COL1 C  
18691716    COL2 G  
18691716    COL3 C

行を繰り返そうとしていますが、繰り返されます。

while read line; do for i in {1..3}; do echo "$line"; done; done < real2.txt

出力を提供します。

pos       COL1 COL2 COL3
18691441    C   A   G
18691441    C   A   G
18691441    C   A   G
18691572    G   C   G
18691572    G   C   G
18691572    G   C   G
18691620    A   T   G
18691620    A   T   G
18691620    A   T   G
18691716    C   G   C
18691716    C   G   C
18691716    C   G   C

次に、入力された1.txtファイルからposを抽出して1_pos.txtを作成し、次のように作成しました。

     pos
    18691441
    18691572
    18691620
    18691716
    for i in `cat 1_post.txt`;
    do
   x=$(grep -i "^$i" 1.txt | awk 'FNR == 1 {print $1"\t""COL1""\t"$2}' ) ;
   y=$(grep -i "^$i" 1.txt | awk 'FNR == 1 {print $1"\t""COL2""\t"$3}' ) ;
   z=$(grep -i "^$i" 1.txt | awk 'FNR == 1 {print $1"\t""COL3""\t"$4}' ) ;

    echo -e "$x""\n""$y""\n""$z";
    done

これにより、列情報を含む出力が得られますが、3つではなく405列がある場合は、各列に対して行を405回繰り返したくないため、ループに入れようとしましたが機能しません。

18691441    COL1    C
18691441    COL2    A
18691441    COL3    G
18691572    COL1    G
18691572    COL2    C
18691572    COL3    G
18691620    COL1    A
18691620    COL2    T
18691620    COL3    G
18691716    COL1    C
18691716    COL2    G
18691716    COL3    C

答え1

どうですか？

while read line col1 col2 col3; 
do 
    if [[ "$line" = "pos" ]]; then
        echo "pos COL"
        continue    
    fi
    echo "$line COL1 $col1"  
    echo "$line COL2 $col2"  
    echo "$line COL3 $col3"  
done < real2.txt

出力：

pos COL
18691441 COL1 C
18691441 COL2 A
18691441 COL3 G
18691572 COL1 G
18691572 COL2 C
18691572 COL3 G
18691620 COL1 A
18691620 COL2 T
18691620 COL3 G
18691716 COL1 C
18691716 COL2 G
18691716 COL3 C

答え2

アッ方法：

awk 'BEGIN{OFS="\t";print "pos" OFS "COL1"}{if(NR==1){for(f=2;f<=NF;f++) c[f]=$f;}
     else{for(i=2;i<=NF;i++) print $1,c[i],$i}}' real2.txt

出力：

pos     COL1
18691441        COL1    C
18691441        COL2    A
18691441        COL3    G
18691572        COL1    G
18691572        COL2    C
18691572        COL3    G
18691620        COL1    A
18691620        COL2    T
18691620        COL3    G
18691716        COL1    C
18691716        COL2    G
18691716        COL3    C

OFS="\t"- 出力フィールド区切り記号

print "pos" OFS "COL1"- 印刷ヘッダーワイヤー

if(NR==1){for(f=2;f<=NF;f++) c[f]=$f;- 最初の行/ヘッダー行から列名を収集する

for(i=2;i<=NF;i++) print $1, c[i], $iCOL...pos- 対応する列の値とその列名に基づいて、各列（）の値を「行単位」で印刷します。

答え3

テキストを処理するためにシェルループを使用しないでください。

これはawk仕事に適したツールです。しかし、一度だけ呼び出すだけです。

awk -v OFS='\t' '
  NR == 1 {print $1, "name", "value"; split($0, header); next}
  {for (i = 2; i < NF; i++) print $1, header[i], $i}' < your-file

（変形ローマ人の答え)

答え4

while IFS= read -r l; do
   read -r -a A <<<"$l"
   case $l in
      'pos'[\ \   ]* )
         echo "${A[@]:0:2}"
         C=("${A[@]:1}")
         ;;

      * )
         p=0 x=${A[0]}
         for e in "${A[@]:1}"; do
            echo "$x ${C[$p]} $e"
            ((p++))
         done
         ;;
   esac
done < yourfile


sed -E '
   /\n/bloop

   y/\t/ /;s/  +/ /g;s/^ +//;s/ +$//

   1{
      h
         s/ /\n/2
      x
         s/ /\n/;s/.*\n//
      x
         s/\n.*//
      b
   }

   G;s/\n/ &/

   :loop
      #  1     2     3   4   5
      s/^(\S+ )(\S+) (.*)(\n)(\S+) ?/\1\5 \2\4\1\3\4/
      /\n$/{
         /\n.*\n/!d
      }
       P
      /\n.*\n/D
   tloop

' yourfile

結果

pos COL1
18691441 COL1 C
18691441 COL2 A
18691441 COL3 G
18691572 COL1 G
18691572 COL2 C
18691572 COL3 G
18691620 COL1 A
18691620 COL2 T
18691620 COL3 G
18691716 COL1 C
18691716 COL2 G
18691716 COL3 C

説明する

  • まず、残りのすべてのタブをスペースに変換してから複数のスペースを圧縮し、最後にすべての前後のスペースを切り取ります。
  • 最初の行に対して特別な処理を実行します。
    • a) ラインをコピーします。
    • b) 後で使用できるように、2 番目の列の終わりを表示します。
    • c）このマークされた行を予約済みスペースに保存されているコピーに置き換えます。
    • d）最初の列を削除し、cols1,2の＆マークを復元します。
  • 他のすべての行（2〜eof）の場合は、列名を行に追加します。
  • do-while次に、繰り返すたびに表示された方法でフィールドを並べ替えて、列名とその値が印刷されるようにループを設定します。行の終わりが見え、その行に残っている唯一の文字が表示されたら停止します\n。\nそれ以外の場合は、前の部分を切り取り、ループの先頭に再分岐します。

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