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プログラムのインストール：CshからBashへ

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プログラムのインストール：CshからBashへ

xscore v1.3をインストールしようとしています（X-スコアハンドブック）。 Cシェルの下の.cshrcファイルにいくつかの環境変数を設定するための指示を提供します。

    setenv XTOOL_HOME   the_installation_directory_of_X-Score
    setenv XTOOL_PARAMETER  $XTOOL_HOME/parameter
    setenv XTOOL_BIN  $XTOOL_HOME/bin
    set path = ($path  $XTOOL_BIN)

If you are using other types of shell, please add the equivalent contents to your configuration file.

私はBashを使用しているので、彼らが提案したのと同じコマンドを使用して.profileファイルを修正してみました。

# set PATH so it includes user's private bin directories
XTOOL_HOME=/home/marta/Peptide/oficial-MC/sf/xscore_v1.3
XTOOL_PARAMETER=$XTOOL_HOME/parameter
XTOOL_BIN=$XTOOL_HOME/bin

PATH="$HOME/bin:$HOME/.local/bin:$PATH:$HOME/Programs/VMD/:$PATH:$XTOOL_HOME:$PATH:$XTOOL_PARAMETER:$PATH:$XTOOL_BIN"

ただし、プログラムを実行すると、次のエラーが発生します。

marta@dagon:~$ xscore -fixpdb HER21.pdb try.pdb

X-Score starts to run ... Wed Sep 26 09:26:29 2018

Warning: XSCORE_PARAMETER is not set ... use default setting

Error: cannot open the file ../parameter/RESIDUE_DEF_XTOOL Please make sure it exists.

フォルダはファイルと同じように存在しますが、プログラムはそのファイルを見つけることができないようです。環境変数の設定に問題があるかどうかはわかりません。

答え1

環境変数を設定するには、シェル変数とitの両方に値を割り当てる必要がありますexport。これは一度に完了できます。

export variable=value

または2つのステップで

variable=value
export variable

あなたの場合：

XTOOL_HOME=/home/marta/Peptide/oficial-MC/sf/xscore_v1.3
XTOOL_PARAMETER="$XTOOL_HOME/parameter"
XTOOL_BIN="$XTOOL_HOME/bin"

export XTOOL_HOME XTOOL_PARAMETER XTOOL_BIN

PATH="$PATH:$XTOOL_BIN"

設定に注意してくださいPATH。コードに不必要に古い値が含まれています。PATH 4つ移流。提案されたcshコードは上にコピーされています。

また、エラーメッセージに記載されていますが、XSCORE_PARAMETERそれが何であるかよくわかりません。上記の1つ以上の環境変数に基づいて、プログラムが（自動で）設定するか、マニュアルに記載されていない項目に手動で設定する必要があります。

コメントによると、これは実際にはマニュアルの誤字である可能性があり、さまざまなXTOOL変数には実際にXSCOREは文字列を接頭辞で付ける必要がありますXTOOL。

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