バイナリが実行されていますが、バイナリは実際にはパスにありません。

ls -al /usr/libexec/PlistBuddyバイナリファイルが正しく表示されると、PlistBuddy出力のクイックビジュアルスキャンがlsファイルを正しく読み取らないのが問題かもしれません。

システムおよび/またはロケールの設定によっては、大文字のls名前が最初にソートされ、次に小文字の名前のリストがソートされることがあります。