Debian Stretchを新しくインストールした新しいコンピュータにCRANの現在のバージョンR(3.4.2)をインストールしようとしましたが、まったく機能しませんでした。例えば、
root@machine:/home/myname# aptitude install r-cran-arm
The following NEW packages will be installed:
libnlopt0{a} littler{a} r-cran-abind{ab} r-cran-arm{b} r-cran-coda{ab}
r-cran-littler{a} r-cran-lme4{ab} r-cran-minqa{a} r-cran-nloptr{a}
r-cran-pkgkitten{ab} r-cran-rcpp{ab} r-cran-rcppeigen{ab}
0 packages upgraded, 12 newly installed, 0 to remove and 0 not upgraded.
Need to get 8,429 kB of archives. After unpacking 22.1 MB will be used.
The following packages have unmet dependencies:
r-cran-coda : Depends: r-api-3 which is a virtual package, provided by:
- r-base-core (3.3.3-1), but 3.4.2-1~stretchcran.0 is installed
r-cran-rcppeigen : Depends: r-api-3 which is a virtual package, provided by:
- r-base-core (3.3.3-1), but 3.4.2-1~stretchcran.0 is installed
r-cran-abind : Depends: r-api-3 which is a virtual package, provided by:
- r-base-core (3.3.3-1), but 3.4.2-1~stretchcran.0 is installed
r-cran-lme4 : Depends: r-api-3 which is a virtual package, provided by:
- r-base-core (3.3.3-1), but 3.4.2-1~stretchcran.0 is installed
r-cran-rcpp : Depends: r-api-3 which is a virtual package, provided by:
- r-base-core (3.3.3-1), but 3.4.2-1~stretchcran.0 is installed
r-cran-arm : Depends: r-api-3 which is a virtual package, provided by:
- r-base-core (3.3.3-1), but 3.4.2-1~stretchcran.0 is installed
r-cran-pkgkitten : Depends: r-api-3 which is a virtual package, provided by:
- r-base-core (3.3.3-1), but 3.4.2-1~stretchcran.0 is installed
The following actions will resolve these dependencies:
Keep the following packages at their current version:
1) r-cran-abind [Not Installed]
2) r-cran-arm [Not Installed]
3) r-cran-coda [Not Installed]
4) r-cran-lme4 [Not Installed]
5) r-cran-minqa [Not Installed]
6) r-cran-pkgkitten [Not Installed]
7) r-cran-rcpp [Not Installed]
8) r-cran-rcppeigen [Not Installed]
以下の指示に従ってください。https://cran.r-project.org/bin/linux/debian/。 /etc/apt/sources.listの関連部分を次のように設定しました。
## R https://cran.r-project.org/
## deb https://cran.cnr.berkeley.edu/bin/linux/debian stretch-cran34/
deb http://cran.wustl.edu/bin/linux/debian stretch-cran34/
(最初にBerkeleyサイトを試してみた後、これが私の問題であることを確認するためにそのサイトに切り替えました。
JohanneのRankeキーをもたらしました。
r-baseとr-base-devがインストールされました。
私はr-api-3がコアだと思いますが、bugs.debian.orgのスレッドを読んだ後でもそれを修正する方法を理解していません。
この問題を解決するために使用できる簡単なプロセスはありますか?必要に応じてr-cran-...のすべての内容を消去して再開できますが、元の場所から変更できる場合はより良いでしょう。
Johannesの提案の更新:
昨日はいくつか試してみましたが、成功しませんでした。たとえば、install.packages(rstanarm)を試してみました。
/usr/lib/R/etc/Makeconf:168: recipe for target 'lang__grammars__expression_grammar_inst.o' failed
make: *** [lang__grammars__expression_grammar_inst.o] エラー 1 エラー: 'rstan' パッケージのコンパイルに失敗しました * '/usr/local/lib/R/site-library/rstan' 削除エラー: 依存関係 'PKI', 'RCurl 'は 'rsconnect'パッケージには使用できません。 * '/usr/local/lib/R/site-library/rsconnect' 削除エラー: 'igraph' 依存関係は 'twojs' パッケージでは使用できません。 * '/usr/local /lib/R の削除' /site-library/thirdjs' エラー: 'rsconnect', 'rstan', 'Threejs' 依存関係は 'shinystan' パッケージでは使用できません。 * '/usr/local/ lib/R/site-library/shinystan' の削除エラー: 依存関係 'rstan', 'shinystan' は 'rstanarm' パッケージには使用できません。
ダウンロードしたソースパッケージは「/tmp/RtmpYtjSD9/downloaded_packages」にあります。警告メッセージ: 1: install.packages("rstanarm"): インストールパッケージ 'PKI' の 0 以外の終了ステータス 2: install.packages(" rstanarm ") in"): 'RCurl' パッケージインストールの終了ステータスが 0いいえ。 3: install.packages("rstanarm") から: 'igraph' パッケージのインストールの終了状態が 0 ではありません。ではありません。いいえ 7: install.packages("rstanarm"): インストールパッケージ "shinystan" の終了状態が 0 ではありません。 。
今は複数のパッケージがあるので、そうかもしれません。
特に指定しない限り、時間があるときは、aptitude deleteを使用してすべてのRパッケージを削除し、source.listはDebianのバックポートを指すままにしてから、install.packages()とupdate.packages()を使用します。する傾向があります。バックポートされた(3.4.2?)基本Rの上にシステムがあります。これは安全で潜在的に効果的だと思われますか?
答え1
このパッケージは、r-cran-arm
CRANでバックポートされているパッケージには含まれていません。また、ストレッチで利用可能なバージョンは、r-cran-arm
CRANのR 3.4.2で提供されるr-api-3に依存するため、R 3.4.2のバックポートと互換性がありません。
arm
Rまたはバックポートr-cran-armから、このパッケージとローカルシステムのログに記載されているその他のパッケージをインストールできます。 2番目のルートに行きたい場合は、お手伝いします。