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GlimmerHMMは、遺伝子予測中に「分割エラー」エラーを発生させます。

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GlimmerHMMは、遺伝子予測中に「分割エラー」エラーを発生させます。

遺伝子予測にGlimmerHMMを使用しようとしています。モデルトレーニングは正常に完了しましたが、予測中に「分割エラー」が発生しました。

command : glimmerhmm_linux_x86_64 input.fasta -d Directory -o glimmer_results.gff -g

答え1

私はこの特定のプログラムについてはよくわかりませんが、この記事は役に立ちます。

このプログラムを教えているようです。シマーダウンロードページ。

それでは、ソースからプログラムをコンパイルしましたか、それともプリコンパイルされた64ビットバージョンを入手しましたか？

オプションなしでマイコンピュータでコンパイルされたプログラムを実行すると、次のオプションメニューが表示されます。

USAGE:  ./glimmerhmm <genome1-file> <training-dir-for-genome1> [options] 
Options:
-p file_name     If protein domain searches are available, read them from file file_name
-d dir_name      Training directory is specified by dir_name (introduced for compatibility with earlier versions)
-o file_name     Print output in file_name; if n>1 for top best predictions, output is in file_name.1, file_name.2, ... , file_name.n f
-n n             Print top n best predictions
-g               Print output in gff format
-v               Don't use svm splice site predictions
-f               Don't make partial gene predictions
-h               Display the options of the program

プログラムの使用メニューの指示は、コマンドラインオプションのリストと一致しているようです。

したがって、いくつかの可能性があります。

  1. とにかく、プログラムのビルドに問題があり、実行されません。ライブラリが欠落しているか何かがあります。
  2. 指定されたディレクトリがありませんDirectory。代わりに、次のようなものを指定する必要があります。~/my_training_directory
  3. 32ビットコンピュータで64ビットプログラムを実行しようとしています。

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