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文字列連結が機能しない

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文字列連結が機能しない 
DASqv -v -H$H -c$cov $db $i | grep Recommend - | sed "s|Recommend ||g" - | sed "s|'||g" -` by itself produces `DAStrim -g20 -b25

私の目標は、前のawk '{print $1 " " $2 " "$3 " $db $i"}'結果をコマンド全体と組み合わせてそれを出力ファイルにパイプすることです> $(basename $i .las).DAStrim。

残念ながら、次のコードを使用する代わりbananaDB ./bananaDB.100.lasに結果のみを取得します。DAStrim -g20 -b25 bananaDB ./bananaDB.100.las

#!/bin/bash

db=bananaDB
H=6973
cov=38

for i in $(find . -type f -name "*.*.las");
do
  #cat <<EOF
  qsub <<EOF

#!/bin/bash -l

#PBS -N DASqv
#PBS -l walltime=48:00:00
#PBS -j oe
#PBS -l mem=1G
#PBS -l ncpus=1
#PBS -M [email protected]
##PBS -m bea

cd \$PBS_O_WORKDIR

source activate thegenemyers


DASqv -v -H$H -c$cov $db $i | grep Recommend - | sed "s|Recommend ||g" - | sed "s|'||g" - | awk '{print $1 " " $2 " "$3 " $db $i"}' > $(basename $i .las).DAStrim

EOF

done

修正する

DASqv -v -H$H -c$cov $db $i

生産：

DASqv -c38 bananaDB ./bananaDB.100.las

Input:   16,450reads,   210,758,575 bases (another 9,934 were < H-length)

Histogram of q-values (average 10 best)

                 Input                 QV

    50:    1494189    0.2%       380302   18.0%

    49:     364713    0.0%          484    0.0%
    48:     545846    0.1%          423    0.1%
    47:     650479    0.2%          466    0.1%
    46:     835282    0.3%          548    0.1%
    45:    1054589    0.4%          648    0.1%
    44:    1299423    0.5%          775    0.2%
    43:    1644281    0.7%          895    0.2%
    42:    2036915    0.9%         1193    0.3%
    41:    2571126    1.2%         1334    0.4%
    40:    3518594    1.5%         1647    0.5%
    39:    3641660    1.9%         2046    0.6%
    38:    5026473    2.4%         2291    0.7%
    37:    6243982    3.1%         2708    0.9%
    36:    7600704    3.9%         3301    1.1%
    35:    9313754    4.9%         4002    1.3%
    34:   11257936    6.0%         4676    1.6%
    33:   13508338    7.5%         5544    1.9%
    32:   15981847    9.1%         6552    2.3%
    31:   18648809   11.1%         7771    2.7%
    30:   22290239   13.4%         9124    3.3%
    29:   25083448   16.0%        10624    3.9%
    28:   29566164   19.1%        12874    4.6%
    27:   33339712   22.6%        15482    5.5%
    26:   37891335   26.6%        18869    6.6%
    25:   44146531   31.2%        23307    7.9%
    24:   44948068   35.9%        28142    9.5%
    23:   50951224   41.3%        33590   11.5%
    22:   55009718   47.1%        42157   13.9%
    21:   57456151   53.1%        52181   16.9%
    20:   60635065   59.4%        63207   20.6%
    19:   58423422   65.6%        76426   25.0%
    18:   58472922   71.7%        91565   30.2%
    17:   55127848   77.5%       107289   36.4%
    16:   50395382   82.7%       123758   43.6%
    15:   43893354   87.3%       136465   51.4%
    14:   36509552   91.2%       145632   59.8%
    13:   28654550   94.2%       145540   68.2%
    12:   21245809   96.4%       138232   76.2%
    11:   14560980   97.9%       121403   83.2%
    10:    9345155   98.9%        98071   88.8%
     9:    5395169   99.5%        73996   93.1%
     8:    2894210   99.8%        52246   96.1%
     7:    1335673   99.9%        33845   98.0%
     6:     581470  100.0%        19476   99.2%
     5:     201756  100.0%         9367   99.7%
     4:      76322  100.0%         3760   99.9%
     3:      18979  100.0%         1082  100.0%
     2:       4751  100.0%          264  100.0%
     1:        456  100.0%           41  100.0%
     0:       2686  100.0%           38  100.0%

  Recommend 'DAStrim -g20 -b25'

私が逃したものは何ですか？

よろしくお願いします。

答え1

必要以上に仕事を難しくしており、スペースや引用の問題に直面しています。以下を試してください。

ステップ1：コマンドラインに適切なパラメータとファイル名を指定して、1つ以上のデータファイルに対して必要な操作を実行するスタンドアロンスクリプトを作成します。

#!/bin/sh

# use the first 3 arguments for the values to pass to DASqv
db="$1"
H="$2"
cov="$3"

# use shift to get rid of them once we have them in variables, ...
shift 3

# ... so we can loop over the remaining filenames (1 or more) on the command line
for filename in "$@" ; do
  outfile="$(basename "$filename" .las).DAStrim"
  qsub <<EOF
#!/bin/bash -l

#PBS -N DASqv
#PBS -l walltime=48:00:00
#PBS -j oe
#PBS -l mem=30G
#PBS -l ncpus=1
#PBS -M [email protected]
##PBS -m bea

cd "\$PBS_O_WORKDIR"

source activate thegenemyers

DASqv -v -H"$H" -c"$cov" "$db" "$filename" | 
  sed -n -e '/Recommend/ {
               s/Recommend //;
               s/\x27//g;
               s:$: "$db" "$filename":;
               p
             }' > "$outfile"

EOF

done

（sed中間のスクリプトはすべて1行にすることができますが、追加の改行とインデントを使用すると、機能/実行方法を変更せずに読みやすくなります。16進数を使用してすべての1行\x27引用符を削除するには注意してください。ASCII0x27一重引用符文字表現）

たとえば、保存しsubmit-jobs.shて実行可能にしますchmod +x submit-job.sh。

ステップ2：試験を受ける

スクリプトを使用してタスクを手動で送信し、スクリプトが目的のタスクを実行しているかどうかをテストします。たとえば、次のようにします。

/path/to/submit-jobs.sh bananaDB 6973 38 /path/to/somefile.las

必要に応じて、要件を正確に満たすまでスクリプトを変更します。

ステップ3：findスクリプトを使用して複数のジョブを送信します。

find . -type f -name '*.las' -exec /path/to/submit-jobs.sh bananaDB 6973 38 {} +

ステップ4：find ...（オプション）手順3を別のパラメータで実行できるスクリプトに変換すると、わずかに異なる値で再実行する必要があるたびにコマンドを入力する必要はありません。例えば

#!/bin/sh
find . -type f -name '*.las' -exec /path/to/submit-jobs.sh "$1" "$2" "$3"

別の名前で保存find-and-submit.shし、chmod +x次を使用して実行可能にする場合：

find-and-submit.sh bananaDB 6973 38

この4段階のスクリプトは変数のforループを提供することもできます。たとえば、パラメータの1つでなくても$cov35から45の値を持つジョブを送信できます。$cov

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