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slurmスクリプトで特異点を開始

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slurmスクリプトで特異点を開始

/usr/local/bin に singularity をインストールし、Linux クラスタの slurm scirpt で singularity を起動したいのですが、「Error: /var/spool/slurm/d/job01485/slurm_script : line 21: Singularity: command not」エラーが発生し続けます。設立する」

私のパスが正しく設定されていますか？

これは私のスラムスクリプトの重要な部分です。

#!/bin/bash
#BATCH --mail-user=
##SBATCH --mail-type=ALL
##SBATCH --nodes=2    # comments allowed
##SBATCH --ntasks=1
#SBATCH --time=00:10:00
##SBATCH --mem=500M
#SBATCH --output=test4.out



export PATH=$PATH:/usr/local/bin
echo $PATH
# where are we running?
pwd
hostname
singularity exec s.simg  hostname

# which OS is this?
cat /etc/issue
singularity exec s.simg

答え1

root以外の場合、slurmはユーザーとしてジョブを実行するため、/usr/local/binはすでにパスに存在している必要があります。

おそらく、Slurmがタスクを割り当てたコンピューティングノードにSingularityがまだインストールされていない可能性があります。

クラスタを直接構築する場合は、次の設定をお勧めします。基準寸法アプリケーションおよびモジュール・ファイルに対してのみシステムおよび共有インストール。

これにより、すべてを最新の状態に保つための中央ソースを入手できます。

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