システム構成ファイルなど、コメント付きの行が多い2つのファイルを比較するには、「diff」を使用する必要があることを検討してください。 （たとえば、ファイルは/etc/cups/cups-files.conf.pacnewおよび/etc/cups/cups-files.confです。）
私の考えでは無視するコメント化された行は次のように異なります。
< #DocumentRoot /usr/share/cups/doc
---
> #DocumentRoot /usr/share/cups/doc-root
私はアクティブな（コメントされていない）行の違いだけを見たいです。
（空白の違いも無視したいです。上記の解決策がその-wオプションの使用を妨げる場合は、完全性のためにこれを参照してください。）
答え1
ファイルを比較する前にコメント行をフィルタリングできます。
diff -u -w <(grep -v '^[[:space:]]*#' /etc/cups/cups-files.conf.pacnew) <(grep -v '^[[:space:]]*#' /etc/cups/cups-files.conf)
これにより、diffコメントされていない行のみが表示され、その行のみが比較されます。