これにご協力いただきありがとうございます。
以下のawkコマンドを実行しようとしても機能しません。以前は多くの式に対して正確なコマンドを実行していましたが、うまくいきました。 5つの式だけで実行してみましたが、まだ機能しません。どんなアイデアがありますか?
列5にリストされている式を含むすべての行を削除したいと思います。 awkがうまくいかない場合の代替案とは何ですか?それにコマンドを提供できますか?
よろしくお願いします。
あっ5ドル!おおよその|HG00524|HG00525|HG 00530|HG00533|HG00534|HG00536|HG00537|HG0 0542|HG00543 | HG00551|HG00553|HG00554|HG00556|HG00557|HG00559 |HG00560|HG00565|HG00566|HG00580|HG00581|HG00580 0592|HG00593|HG0 0595|HG00596|HG00598|HG00599|HG00607|HG00608|HG0 0610| HG00611|HG00613|HG00614|HG00619|HG00620|HG00622|HG00623|HG00625|HG00626|HG00628|HG00629|HG00630|3G G00640|HG00641|HG00650|HG0 0651|HG00653|HG00654|HG00656|HG0 0657|HG0 0662 |HG00663 |HG00671|HG00672|HG00674|HG00675|HG00683 |HG00684|HG00689|HG00690|HG00692|HG00693|HG0069 00705|HG00707|HG00708|HG0 0717|HG00728|HG00729|HG00731|HG00732|HG0 0734 |HG0 0736 |HG00737|HG00739|HG00740|HG00742|HG00743|HG00759|HG00766|HG00844|HG00851|HG00864|HG0088088 |HG00978|HG00982|HG01028|HG0 1029|HG01031|HG01046|HG01047|HG01048|HG0 1049 | HG01051 | HG0 1052|HG01054|HG01055|HG01058|HG01060|HG01061 |HG01063|HG01064|HG01066|HG01067|HG01069|HG0107H2 01077|HG01079|HG0 1080|HG01082|HG01083|HG01085|HG01086|HG01088|HG0 1089 | HG01092|HG0 1094|HG01095|HG01097|HG01098|HG01101|HG01102|HG01104|HG01105|HG01107|HG01108|HG011111H1 HG01121|HG01122|HG 01124|HG01125|HG01130|HG01131|HG01133|HG0 1134|HG01136 | HG01137|HG0 1139|HG01140|HG01142|HG01148|HG01149 |HG01161|HG01162|HG01164|HG01167|HG01168|HG0117H1 01176|HG01177|HG0 1182|HG01183|HG01187|HG01188|HG01190|HG01191|HG0 1197 | HG01198|HG01200|HG0 1204|HG01205|HG01241|HG01242|HG01247|HG01248|HG01250|HG01251|1284|HG01286|HG01 308|HG01311 HG01312 |HG01323|HG01325|HG01326|HG01341|HG01342|HG01344| HG01345|HG01348|HG01350|HG01351|HG01353|HG01354|HG01356|HG01357|HG01359|HG01360|HG01362|HG01363G6 1372章01390 | HG01392 | HG01393 | HG01395 | HG01396 | HG01398 | HG01402 | HG01403 | HG01405 |HG01412|HG01413|HG01414|HG01431|HG01432|HG01435|HG01437|HG01438|HG0 1440|HG0 1441|HG01443|HG014 HG01459 | HG01461|HG01462|HG01464|HG01465|HG01468|HG01474|HG01479 |HG01485|HG01486|HG01488|HG01489|HG01491G4 1497|HG01498|HG0 1550|HG01551|HG01556|HG01565|HG01566|HG01571|HG01572|HG0 1577 |HG01578|HG01583|HG01586|HG01589|HG01593|HG01595| HG01596|HG01597|HG01598|HG01599|HG01600|HG01794|HG01795|HG01796|HG01797|HG01798|HG01799|HG01000 01805|HG01806|HG0 1807|HG01808|HG01809|HG01810|HG01811|HG01812|HG01813| HG01813 |HG01815|HG01816|HG01817|HG01840|HG01841|HG01842|HG01843|HG01844|HG01845|HG01846|HG01844H8 01851|HG01852|HG01853|HG 01855 |HG01857|HG01858|HG01859|HG01860|HG01861| HG01862|HG01863|HG01864|HG01865|HG01866|HG01867|HG01868|HG01869|HG01870|HG01871|HG01872|HG01878G8H8 0188 0|HG01882|HG01883|HG01885|HG01886|HG01889| HG01890|HG01892|HG01893|HG01894|HG01896|HG01912|HG01914|HG01915|HG01917|HG01918|HG01921|HG01923|HG01922H9 01933|HG0 1935|HG0 1936|HG01938|HG01939|HG01941|HG01942|HG01944| HG01945|HG01947|HG01948|HG01950|HG01951|HG01953|HG01954|HG01956|HG01958|HG01965|HG01967|HG01968G10G 1974|HG0 1976|HG0 1977|HG0 1979|HG01980|HG01982|HG01985|HG01986|HG01988 | HG01989|HG01990|HG01991|HG01992|HG01997|HG02002|HG02003|HG02006|HG02008|HG02009|HG02010|HG02012|1G 02017|HG02019|HG0 2020|HG02023|HG0 2025|HG02026|HG02028|HG02029|HG02031| HG02032|HG02035|HG02040|HG02047|HG02048|HG02049|HG02050|HG02051|HG02052|HG02054|HG02057|HG02058G0G0 2067|HG0 2069|HG0 2070|HG02072|HG0 2073|HG02075|HG02076|HG02078|HG02079 | HG02081|HG02082|HG02084|HG02085|HG02086|HG02087|HG02088|HG02089|HG02090|HG02095|HG02102|HG02102G0H2 02111|HG02113|HG0 2116|HG02121|HG02122|HG0 2127|HG02128|HG02130|HG02131| HG02133|HG02134|HG02136|HG02137|HG02138|HG02139|HG02140|HG02141|HG02142|HG02144|HG02146|HG02142G1H2 2153|HG0 2154|HG0 2155|HG02156|HG02164|HG0 2165|HG02166|HG02178|HG02179 | HG02180|HG02181|HG02182|HG02184|HG02185|HG02186|HG02187|HG02188|HG02190|HG02250|HG02252|HG0225225G2 02260 | HG02262 | HG02265|HG02266|HG02271|HG02272|HG0 2274話 HG02285|HG02286 |HG02291 |HG02292|HG02298|HG02299|HG02301 02312|HG02314|HG02315|HG02317|HG02318|HG02322|HG0 2323章 HG02345|HG0 2348 | HG02351|HG02353|HG02355|HG02356|HG02360|HG02364 |HG02367 |HG02371|HG02373|HG02374|HG02375|HG02372H3 2384 HG02407|HG02408|HG02409|HG02410|HG02419|HG02420 |HG02425 |HG02427|HG02429 |HG0 チャプター 2433HG02462|HG02464|HG02465|HG02470|HG02471|HG02476|HG02477|HG02479|HG02481|HG02484|8G9 491|HG 02493|HG02494|HG02496|HG0 チャプター 2497HG02521 |HG02522|HG02536| HG02537|HG02541|HG02545|HG02546|HG02549|HG02555|HG02557|HG02558|HG02561|HG02562|HG02568|HG025708H3 G02589 | HG02594|HG02595|HG02597|HG02600|HG02601 |HG02603|HG02604| HG02610|HG02611|HG02613|HG02614|HG02620|HG02621|HG02623|HG02624|HG0 2628章 HG02660|HG02661|HG02666H6 02678 | HG02679|HG02681|HG0 2682章G02771|HG02774|HG02775|HG02778|HG02780|HG02783|HG02784|HG02786|HG0 2787 |HG02789|HG02790|HG02792|HG 02793|HG02798|HG02799|HG0 2804 |HG02805|HG02807|HG02808 |HG02810|HG028 HG02817|HG02819|HG02820|HG02836|HG02837|HG02839|HG02840|HG02851|HG02852 |HG02854|HG02855|HG02860|HG02861|HG02870|HG02878|HG02879|HG0 2881 HG02895|HG02896|HG02922|HG02903| |HG02944|HG02946|HG02947|HG02952|HG02953|HG02968|HG02970|HG02971|HG02973|HG02974|HG0 2976 章 HG03003 G03018 | HG0 3019 | HG03021|HG03022|HG03024|HG03025|HG03027|HG03028| |HG03040|HG03045|HG03046|HG03048|HG03049|HG03052|HG03054|HG03055|HG03057|HG03058|HG03060|HG03061|HG03063|HG03064|HG03066|HG03069|HG0 3077|HG03078|HG03079|HG03081|HG03082 |HG03084|HG03085|HG03086|HG03088| HG03091|HG0 3095|HG03096|HG03097|HG03099|HG03100|HG03103|HG03105|HG03108|HG03109|HG03111|HG03111H3 G03118|HG03120|HG03121|HG03123|HG03124 HG03126|HG03127|HG03129|HG03130|HG03132 |HG03133|HG0 3135|HG03136|HG03139|HG03157|HG03159|HG03160|HG03162|HG03163|HG03166|HG03168|HG03169 HG03190|HG03193|HG03195|HG03196 |HG03198 |HG03199|HG03202|HG03209|HG03212 |HG03224|HG03225|HG0 3228|HG03229|HG03234|HG03235|HG03237|HG03238|HG03240|HG03241|HG03246|HG03245 |HG03267|HG03268|HG03270|HG03271 |HG03279|HG03280|HG03291|HG03294| HG03295|HG03297|HG03298|HG03300|HG0 3301|HG03303|HG03304|HG03311|HG03313|HG03342|HG03343|HG033513 HG03366|HG03367|HG03369|HG03370|HG03372 |HG03376|HG03378 |HG03380|HG03382 |HG03385|HG03388|HG03391|HG03394|HG03397|HG0 3401|HG03410|HG03419|HG03428|HG03432|HG03433|HG03434 |HG03446|HG03449|HG03451|HG03452|HG03455 |HG03457|HG03458|HG03460| HG03461|HG03464|HG03469|HG03470|HG03472|HG03473|HG0 3476章 HG03499|HG03511|HG03514|HG03515|HG03513H3 0 3538|HG03539|HG03547|HG03548|HG03556|HG03557 |HG03558|HG03559|HG03563| HG0 3565章|HG03619|HG 03624|HG03625|HG03629|HG0 3631章 HG03646| HG03649|HG03652|HG03653|HG03660|HG03663|HG03667|HG03668|HG03672|HG03673|HG03679|HG03680|HG03681|HG03684|HG03685|HG03686|HG03687|HG0 챕터 3689HG 03690HG0 3691HG03692HG03693HG03694HG03695HG03696 HG03697|HG03698|HG03702|HG03703|HG03705|HG03706|HG03708 | HG03709 | HG03711 | HG03713 | HG03714 | HG03716 | HG03717 | HG03718 | HG03720 | HG03722 | HG03727 | HG0 3729HG03エピソード747 4|HG03775|HG0377 7|HG0377 8|HG03779|HG03780|HG03781|HG03782|HG03784 | HG03785|HG03786|HG03787|HG03788|HG03789|HG03790|HG03792|HG03793|HG03796|HG03800|HG03802|HG03803H8 03812|HG03814|HG0 3815|HG03817|HG03821|HG03823|HG03824|HG03826|HG03829| HG03830|HG03832|HG03833|HG03836|HG03837|HG03838|HG03844|HG03846|HG03848|HG03849|HG03850|HG038538H5 3870|HG03871|HG03872|HG03873|HG03874|HG03875|HG03882| HG03884|HG03885|HG03886|HG03887|HG03888|HG03890|HG03894|HG03895|HG0 3896 章 HG03897 HG03898 HG03899 HG03 G03908|HG03910|HG03911|HG03913|HG03914|HG03916|HG03917|HG03919|HG03920|HG03922|HG03925|HG03922|HG0 |HG03931|HG03934|HG03937|HG03940|HG0 3941 HG03953|HG03955|HG03960|HG03963|HG03965|HG03967| |HG03969|HG03971|HG03973|HG03974|HG03976|HG03977|HG03978|HG03985|HG03986|HG03989|HG0|3990|HG0399 G04001|HG0 4002|HG 04003|HG04006|HG04014|HG04015|HG04017|HG04018| HG04019 |HG04020|HG04022|HG04023|HG04025|HG04026|HG04029|HG04033|HG04035|HG04038|HG04039|HG040424H4 04059|HG04060|HG04061|HG0 4062|HG04063|HG04070|HG04075|HG04076|HG04080| HG04090HG04093|HG04094|HG04096|HG04098|HG04099|HG04100|HG04106|HG04107|HG04118|HG04131|HG04134|HG0414044H4 152 HG04153 HG0 4155 HG04156 HG04158 HG04159|HG04161|HG04162|HG04164|HG04171|HG04173|HG04176| HG04187|HG04180|HG04182|HG04183|HG04185|HG04186|HG04188|HG04189|HG04194|HG04195|HG0|4198|HG04200 04210|HG04211|HG0 4212|04214|HG04216|HG04219|HG04222|HG04225|HG04227| HG04229 | NA1 8517|NA18519|NA18520|NA18522|NA18523|NA18525|NA18526 |NA18528 |NA18530|NA18531|NA18532|NA18533|NA18533|NA185 539|NA1 8541|NA18542|NA18543|NA18544|NA18545|NA18546| NA1 8547|NA1 8548|NA18549|NA18550|NA18552|NA18553|NA18555 |NA18557|NA18558|NA18592|NA18593|NA18595|NA18596NA185 8605|NA18608|NA18609|NA18610|NA18 611|NA18612|NA18613 |NA18614|NA1 8615|NA18616|NA18617| NA18618|NA18619|NA18620|NA1 8621|NA18622|NA18623|NA18624|NA18625|NA18626|NA18627|NA18628|NA18629|NA18633 8635|NA18636|NA18637|NA18638|NA18644|NA1 645|NA18646 | NA18647|NA18648|NA18740|NA18745|NA18747|NA18748 |NA18749|NA18757|NA18853|NA18856|NA18858|NA18861|NA18866|NA1886 71|NA1 8873|NA18874|NA18876|NA18877|NA18878|NA1 8879 | NA18881|NA18907|NA18908|NA18909|NA18910|NA18912|NA18915|NA18916|NA18917|NA18924|NA18933|NA18934|NA18944|NA18944 944|NA1894 5|NA18946|NA18947|NA18948|NA18 949|NA18950 | NA18951|NA18952|NA18953|NA18954|NA18956|NA18957 |NA18959|NA18960|NA18961|NA18962|NA18963|NA18964|NA18966|NA1896 70|NA18971|NA1 8972|NA18973|NA18974|NA18975|NA1 8976 | NA18977|NA18978|NA18979|NA18980|NA18981|NA18982|NA18983|NA18984|NA18985|NA18986|NA18987|NA18989|NA18999|NA18995 001|NA19002|NA19003|NA19004|NA19005|NA19006|NA19007 | NA19009 |NA19010|NA19011|NA19012|NA19017|NA19019|NA19020|NA19023|NA19024|NA19025|NA19026|NA19027|NA19028|NA19030 9037|NA1 9038|NA19041|NA19042|NA19043|NA19054|NA19055 |NA19056|NA19057|NA19059|NA19060|NA19062|NA19063|NA19064|NA19065|NA19068|NA19070|NA19072|NA19074|NA19075|NA1 9 9 NA19080|NA19081|NA19082|NA19083| NA19084 | NA19085 | NA19086|NA19087|NA19088|NA19089|NA19090|NA19091|NA19092|NA19093|NA19096|NA19098|NA19099|NA19102|NA19101|NA19111 17|NA19118|NA19119|NA19121| 75|NA1 9184| NA19185|NA19189|NA19190|NA19197|NA19198|NA19200 |NA19201| NA19204|NA19206|NA19209|NA19210|NA19213|NA19214|NA19222|NA19223|NA19225|NA19236|NA192 38|NA19239|NA19247|NA19248 NA19308|NA19309|NA19310|NA19312|NA19314|NA19315|47|NA19350|NA1 9351|NA19355|NA19372|NA19374|NA19377|NA19 83|NA19384|NA19385|NA19390|NA19391|NA19393 |NA19394| NA19395|NA19397|NA19399|NA19401|NA19403|NA19404|NA19428|NA1 9429|NA19430|NA19431|NA19434|NA19435|NA19438|NA1943 463|NA19466|NA1 9467|NA19468|NA19471|NA19472| NA19473 |NA19474|NA19475|NA19625|NA19648|NA19649|NA19651|NA19652|NA19654|NA19655|NA19661|NA19663|NA19664|NA19669|NA19670|NA19676|NA19 678|NA196 19700 | NA19701 | NA19704|NA19707|NA19711|32|NA19734|NA19735|NA19740|NA1 9741|NA19746|NA19747|NA19749 |NA19750|NA19756|NA19 |NA19762|NA19764|NA19770|NA19771|NA19774|NA19776| NA19777 |NA19779|NA19780|NA19782|NA19783|NA19785|NA19786|NA1 9788|NA19789|NA19792|NA19794|NA19795|NA19814|NA29 |NA19 984|NA20126|NA2 0127|NA20274|NA20276 | NA20278 | NA20281|NA20282|NA20287|NA20289|NA20291|NA20294|NA20296|NA20298|NA20299|NA20314|NA20317|NA20318|NA20320|NA20333 0340|NA20342|NA20346|NA20348|NA2035 1|NA20355| NA20357|NA20359|NA20362|NA20412|NA20845| 61|NA20862|NA20863|NA20864|NA20866|NA20867|NA2 0868|NA20869 |NA20870|NA20872|NA20874|NA20875|NA20876|NA208788NA |NA20885|NA20886 |NA20887|NA20888|NA20889|NA20890|NA20891 |NA20 892|NA20894|NA20895|NA20896|NA20897|NA20899|NA2 0900| NA20901|NA20902|NA20903|NA20904|NA20905|NA 20906|NA20908|94|NA21095|NA21097|NA21098|NA21099|NA21101|NA21101|2 NA21106|NA21107|NA21108|NA21109|9|NA21120|NA21122 |NA21123|NA21124|NA21125|NA21126|NA21127|NA2 1128 |
答え1
真剣に、この正規表現は話すべきではありません。
代わりに、単純なテキストファイルに文字列(1行に1つずつ)を書き、次を使用してください。
grep -v -w -F -f patternfile inputfile >outputfile
inputfile
これにより、リストされている文字列を含まない行のみが出力されますpatternfile
。このフラグを使用すると、文字列は正規表現ではなく文字列として扱われます(これによりメモリ使用量が減る可能性があります)-F
。grep
この-w
フラグは、単語の部分文字列ではなく、単語全体と一致することを保証します(たとえば、NA21130
一致しNA21130
、一致しない、GNA21130
またはNA211301
)。
列5で文字列を具体的に見つけるには、次のようにします。
awk 'NR == FNR { pattern[$0] = 1; next } !pattern[$5]' patternfile inputfile >outputfile
まず、文字列をpatternfile
文字列でインデックス付けされた配列に読み込みます。次に、inputfile
列5の値が配列のインデックスであるかどうかを読み取り、テストします。それ以外の場合は、ラインが通過します。
さらに、POSIXシステムでは、コマンドラインと現在の環境(すべての環境変数とその値)に許可される最大結合長が少なくとも4 KBを保証します。ほとんどのシステムでは、これより多いか少ないが、質問にArgument list too long
ある16KBのコマンドラインなどのコマンドを実行しようとしたときにエラーメッセージを受け取る準備をする必要があります。
答え2
grepを使用してこの問題を解決しました。
grep –v –E '(HG00403|HG00404|HG00406|...(16KB 用語)...|NA21142|NA21143|NA21144)' < All_Combined_Individual_Data_RD23022018.txt >コーカサス2