bam_files.txt
次のファイルのリストがあります。
/home/test/2cells_2_trim.bam
/home/test/6h_1_trim.bam
/home/test/2cells_1_trim.bam
/home/test/6h_2_trim.bam
私はこのようなことをしたい:
cuffnorm -o cuffnorm_out /home/software/genes.gtf test/*.bam
ただし、(上記のように)ディレクトリから直接ファイルを読み込むbam_files.txt
のではなく、ディレクトリからファイルを読み取る場合。
同じコマンドですべてのファイルを一緒に読みたいです。
誰でも助けることができますか?ありがとうございます。助けてくれてありがとう。
答え1
bam_files.txt
配列を読み取り、その配列をパラメータとして使用できますcuffnorm
。
mapfile -t bam_files < bam_files.txt
cuffnorm -o cuffnorm_out /home/software/genes.gtf "${bam_files[@]}"