シェルスクリプトからファイルデータを抽出中にエラーが発生しました。

Question

入力ファイルには、実際には次のように1行に1つのファイル名しか含まれていないとします。

SAE1903.barcode.in.R1.R1.fastq
SAE1903.barcode.in.R1.R2.fastq
SAE2000.barcode.in.R1.R1.fastq
...

スクリプトは各行を読み取るため、id最初の行の後のid値はですSAE1903.barcode.in.R1.R1.fastq。この変数を使用すると、変数が値$id.barcode.in.R1.R1.fastqに置き換えられ、残りの.barcode.in.R1.R1.fastq文字列（）が追加されます。もちろん、名前が何もないのでエラーが発生しますSAE1903.barcode.in.R1.R1.fastq.barcode.in.R1.R1.fastq。

簡単な解決策（ファイルに偶数行があると仮定）でこの問題を克服できます。

#!/bin/bash
while read line1; do
    read line2
    cat "demuxR1/$line1" "demuxR2/$line2" > "alldemulti/${line1%%.*}.forwardread.fastq"
done < R1_new.txt

たとえば、ファイルから読み取られた文字列の最初の点の前の単語${line1%%.*}に置き換えられます。SAE1903

Answer 1

入力ファイルには、実際には次のように1行に1つのファイル名しか含まれていないとします。

SAE1903.barcode.in.R1.R1.fastq
SAE1903.barcode.in.R1.R2.fastq
SAE2000.barcode.in.R1.R1.fastq
...

スクリプトは各行を読み取るため、id最初の行の後のid値はですSAE1903.barcode.in.R1.R1.fastq。この変数を使用すると、変数が値$id.barcode.in.R1.R1.fastqに置き換えられ、残りの.barcode.in.R1.R1.fastq文字列（）が追加されます。もちろん、名前が何もないのでエラーが発生しますSAE1903.barcode.in.R1.R1.fastq.barcode.in.R1.R1.fastq。

簡単な解決策（ファイルに偶数行があると仮定）でこの問題を克服できます。

#!/bin/bash
while read line1; do
    read line2
    cat "demuxR1/$line1" "demuxR2/$line2" > "alldemulti/${line1%%.*}.forwardread.fastq"
done < R1_new.txt

たとえば、ファイルから読み取られた文字列の最初の点の前の単語${line1%%.*}に置き換えられます。SAE1903

シェルスクリプトからファイルデータを抽出中にエラーが発生しました。

答え1

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