並列処理でデフォルト名を使用するには？

Question 1

あなたのbasenameコマンドは固定.fasta拡張のみを削除します。私が知っている限り、変数パターンは削除できません。

しかし、GNUparallelはPerl式の置換文字列basename以前より強力になった施設。与えられた

$ ls *_chrm.part*.fasta
ERR358546_chrm.part-2.fasta  ERR358546_chrm.part-5.fasta  ERR358546_chrm.part-8.fasta
ERR358546_chrm.part-3.fasta  ERR358546_chrm.part-6.fasta  ERR358546_chrm.part-9.fasta
ERR358546_chrm.part-4.fasta  ERR358546_chrm.part-7.fasta

それから

$ parallel echo Result'{= s:_.*$:: =}' ::: *_chrm.part*.fasta
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546

置換は、s:_.*$::下線の後ろのすべてを何も置き換えません。元のコマンドに移植されました。

time parallel ' 
  singularity exec -B "$PWD" /usr/local/CRISPRCasFinder-release-4.2.20/CrisprCasFinder.simg \
  perl /usr/local/CRISPRCasFinder/CRISPRCasFinder.pl \
  -so /usr/local/CRISPRCasFinder/sel392v2.so \
  -cf /usr/local/CRISPRCasFinder/CasFinder-2.0.3 \
  -drpt /usr/local/CRISPRCasFinder/supplementary_files/repeatDirection.tsv \
  -rpts /usr/local/CRISPRCasFinder/supplementary_files/Repeat_List.csv \
  -cas -def G --meta \
  -out /databis/defontis/Dossier_fasta_chrm_avec_CRISPRCasFinder/Test/Result'{= s:_.*$:: =}' \
  -in /databis/defontis/Dossier_fasta_chrm_avec_CRISPRCasFinder/Test/{}
' ::: *_chrm.part*.fasta

部品インデックスを取得して埋め込むには、式を次のように変更できます。

Result'{= s:_chrm\.part-(\d+)\.fasta$:_$1: =}'

または

'{= s:_chrm\.part-(\d+)\.fasta$:Result_$1: =}'

例えば。

Answer

あなたのbasenameコマンドは固定.fasta拡張のみを削除します。私が知っている限り、変数パターンは削除できません。

しかし、GNUparallelはPerl式の置換文字列basename以前より強力になった施設。与えられた

$ ls *_chrm.part*.fasta
ERR358546_chrm.part-2.fasta  ERR358546_chrm.part-5.fasta  ERR358546_chrm.part-8.fasta
ERR358546_chrm.part-3.fasta  ERR358546_chrm.part-6.fasta  ERR358546_chrm.part-9.fasta
ERR358546_chrm.part-4.fasta  ERR358546_chrm.part-7.fasta

それから

$ parallel echo Result'{= s:_.*$:: =}' ::: *_chrm.part*.fasta
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546
ResultERR358546

置換は、s:_.*$::下線の後ろのすべてを何も置き換えません。元のコマンドに移植されました。

time parallel ' 
  singularity exec -B "$PWD" /usr/local/CRISPRCasFinder-release-4.2.20/CrisprCasFinder.simg \
  perl /usr/local/CRISPRCasFinder/CRISPRCasFinder.pl \
  -so /usr/local/CRISPRCasFinder/sel392v2.so \
  -cf /usr/local/CRISPRCasFinder/CasFinder-2.0.3 \
  -drpt /usr/local/CRISPRCasFinder/supplementary_files/repeatDirection.tsv \
  -rpts /usr/local/CRISPRCasFinder/supplementary_files/Repeat_List.csv \
  -cas -def G --meta \
  -out /databis/defontis/Dossier_fasta_chrm_avec_CRISPRCasFinder/Test/Result'{= s:_.*$:: =}' \
  -in /databis/defontis/Dossier_fasta_chrm_avec_CRISPRCasFinder/Test/{}
' ::: *_chrm.part*.fasta

部品インデックスを取得して埋め込むには、式を次のように変更できます。

Result'{= s:_chrm\.part-(\d+)\.fasta$:_$1: =}'

または

'{= s:_chrm\.part-(\d+)\.fasta$:Result_$1: =}'

例えば。

Question 2

あなたのbasenameコマンドは次のように削除します.fasta。

$ basename ERR358546_chrm.part-1.fasta .fasta
ERR358546_chrm.part-1

シーケンス名のみを取得するには、より多くのシーケンス名を削除する必要があり、part変更された番号のためにそれを行うことはできませんbasename。ただし、シェル自体を使用して、最初のシーケンス名以降のすべてのエントリを削除できます_。

$ name="ERR358546_chrm.part-1.fasta"
$ newName="${name%%_*}"
$ echo "$newName"
ERR358546

次に、実際に試してみる必要があります。あなたはそれを持っていますが、dossierSortie=$(basename -s .fasta {})実際にはそれを使用しません$dossierSortie。 this を使用しているため、すべての入力ファイル名を置き換えるparallelので、{}まずそれをシェル変数として保存してから、上記の置換を適用する必要があります。

parallel ... 'name="{}"; dossierSortie="${name%%_*}"

したがって、必要な作業を実行する必要があります。

time parallel 'name={}; dossierSortie="${name%%_*}"; \
     singularity exec -B "$PWD" \
    /usr/local/CRISPRCasFinder-release-4.2.20/CrisprCasFinder.simg perl /usr/local/CRISPRCasFinder/CRISPRCasFinder.pl \
    -so /usr/local/CRISPRCasFinder/sel392v2.so \
    -cf /usr/local/CRISPRCasFinder/CasFinder-2.0.3 \
    -drpt /usr/local/CRISPRCasFinder/supplementary_files/repeatDirection.tsv \
    -rpts /usr/local/CRISPRCasFinder/supplementary_files/Repeat_List.csv \
    -cas -def G --meta \
    -out /databis/defontis/Dossier_fasta_chrm_avec_CRISPRCasFinder/Test/Result"${dossierSortie}" \
    -in /databis/defontis/Dossier_fasta_chrm_avec_CRISPRCasFinder/Test/{}' ::: *_chrm.part*.fasta

または改行で混乱している場合は、1行で入力してください。

time parallel 'name={}; dossierSortie="${name%%_*}"; singularity exec -B "$PWD" /usr/local/CRISPRCasFinder-release-4.2.20/CrisprCasFinder.simg perl /usr/local/CRISPRCasFinder/CRISPRCasFinder.pl -so /usr/local/CRISPRCasFinder/sel392v2.so -cf /usr/local/CRISPRCasFinder/CasFinder-2.0.3 -drpt /usr/local/CRISPRCasFinder/supplementary_files/repeatDirection.tsv -rpts /usr/local/CRISPRCasFinder/supplementary_files/Repeat_List.csv -cas -def G --meta -out /databis/defontis/Dossier_fasta_chrm_avec_CRISPRCasFinder/Test/Result"${dossierSortie}" -in /databis/defontis/Dossier_fasta_chrm_avec_CRISPRCasFinder/Test/{}' ::: *_chrm.part*.fasta

Answer