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行にパターンが含まれている場合は、変数を列に印刷します。

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行にパターンが含まれている場合は、変数を列に印刷します。

私はファイルを持っていますDEMLIR-GEO_OPT-1-distance-1.coordLog：

 REQUESTED STRUCTURE DATA

  Distance vector r(i,j) between the atom i and j in ANGSTROM

  r(1,5)           =     0.944776     0.190651     1.602108   |r| =     1.869679
  r(2,5)           =    -0.693580    -0.927860    -1.000974   |r| =     1.530989
  r(2,8)           =     1.618580     0.570765    -0.688275   |r| =     1.849134

 REQUESTED STRUCTURE DATA

  Distance vector r(i,j) between the atom i and j in ANGSTROM

  r(1,5)           =     0.945905     0.187745     1.601950   |r| =     1.869821
  r(2,5)           =    -0.692409    -0.928976    -1.001505   |r| =     1.531483
  r(2,8)           =     1.618487     0.572023    -0.688769   |r| =     1.849626

 REQUESTED STRUCTURE DATA

  Distance vector r(i,j) between the atom i and j in ANGSTROM

  r(1,5)           =     0.946708     0.186226     1.601724   |r| =     1.869881
  r(2,5)           =    -0.691970    -0.929421    -1.002033   |r| =     1.531900
  r(2,8)           =     1.618395     0.572685    -0.688576   |r| =     1.849678

ファイルの各行を読み、パターンが含まれている場合は、r(1,5)次の値を印刷したいと思います|r| =。これまで、次のコードを書きました。

    #!/bin/bash

    set -o errexit
    set -o nounset
    set -o pipefail


  exec 0<"DEMLIR-GEO_OPT-1-distance-1.coordLog"
     while read -r line
     do
     for j in $(seq 0 2)
     do
     if [[ "$line" == *"r(1,5)"* ]] ; then
             dist1=$(gawk 'BEGIN{FS="|r| ="} {print $2}' | tr -s " ")
        elif [[ "$line" == *"r(2,5)"* ]] ; then
                dist2=$(gawk 'BEGIN{FS="|r| ="} {print $2}' | tr -s " ")
        elif [[ "$line" == *"r(2,8)"* ]] ; then
                dist3=$(gawk 'BEGIN{FS="|r| ="} {print $2}' | tr -s " ")
     fi


     printf "%-3f %-3f %-3f %-3f\n" "1.$j" "$dist1" "$dist2" "$dist3"

     done
     done>DEMLIR_task.txt

ただし、次のエラーが発生します。

dist1: unbound variable

1.0行には到達しませんが、"1.$j"エラーも発生することを知っています。

私もsed欲しいものを手に入れようとしましたが、それは次のようになります：

sed -n '/r(1,5)/p' DEMLIR-GEO_OPT-1-distance-1.coordLog> new
sed -i 's/^.*|r| =//' new

これにより、新しいファイルにそれ以降の値が印刷され|r| =、ifステートメントで見られるように、他の2つの条件に対しても同じことを行う必要があることを考慮すると、不要なファイルが多すぎます。私はそれをしたくありません。

私は最初の作業方法が欲しい。どうすればいいですか？

編集する

r(1,5)0,1,2の距離を最初の列、2番目、3r(2,5)番目、4番目の列に印刷したいと思います。新しいファイルを作成したり元のファイルを変更せずにこれを実行したいと思います。私が望む出力は次のとおりです。r(2,8)DEMLIR_task.txt

0 1.869679 1.530989 1.849134
1 1.869821 1.531483 1.849626
2 1.869881 1.531900 1.849678

答え1

考えられる解決策はawkのみです。私は一つを作りましたprg.awk：

BEGIN { j=0; }
{
    if ( $1 == "r(1,5)" )
    {
        dist1=$8;
    }
    if ( $1 == "r(2,5)" )
    {
        dist2=$8;
    }
    if ( $1 == "r(2,8)")
    {
        dist3=$8;
        print j": "dist1" "dist2" "dist3;
        ++j;
    }
}

コンテンツfile.txt:

yurijs-MacBook-Pro:bash yurij$ cat ./file.txt
REQUESTED STRUCTURE DATA

  Distance vector r(i,j) between the atom i and j in ANGSTROM

  r(1,5)           =     0.944776     0.190651     1.602108   |r| =     1.869679
  r(2,5)           =    -0.693580    -0.927860    -1.000974   |r| =     1.530989
  r(2,8)           =     1.618580     0.570765    -0.688275   |r| =     1.849134

 REQUESTED STRUCTURE DATA

  Distance vector r(i,j) between the atom i and j in ANGSTROM

  r(1,5)           =     0.945905     0.187745     1.601950   |r| =     1.869821
  r(2,5)           =    -0.692409    -0.928976    -1.001505   |r| =     1.531483
  r(2,8)           =     1.618487     0.572023    -0.688769   |r| =     1.849626

 REQUESTED STRUCTURE DATA

  Distance vector r(i,j) between the atom i and j in ANGSTROM

  r(1,5)           =     0.946708     0.186226     1.601724   |r| =     1.869881
  r(2,5)           =    -0.691970    -0.929421    -1.002033   |r| =     1.531900
  r(2,8)           =     1.618395     0.572685    -0.688576   |r| =     1.849678

プログラムを実行します。

yurijs-MacBook-Pro:bash yurij$ awk -f prg.awk ./file.txt
0: 1.869679 1.530989 1.849134
1: 1.869821 1.531483 1.849626
2: 1.869881 1.531900 1.849678

答え2

そしてsed、echoそしてtr：

$ se () { echo -n "$1 "; sed -n 's/\s*r('"$2"').*|r| =\s\+//p' DEMLIR-GEO_OPT-1-distance-1.coordLog | tr '\n' ' '; echo; }
$ se 0 1,5; se 1 2,5; se 2 2,8
0 1.869679 1.869821 1.869881
1 1.530989 1.531483 1.531900
2 1.849134 1.849626 1.849678

# using a for-loop
cnt=0; for i in 1,5 2,5 2,8; do se $((cnt++)) $i; done

出力をファイルに書き込むには、次を使用できます。

{ se 0 1,5; se 1 2,5; se 2 2,8; } > DEMLIR_task.txt

順序が間違っている場合は、次のコードを使用してこのコードを使用できますsed。pasteprintf

$ se () { sed -n 's/\s*r('"$1"').*|r| =\s\+//p' DEMLIR-GEO_OPT-1-distance-1.coordLog; }
$ paste -d' ' <(printf '%s\n' 0 1 2) <(se 1,5) <(se 2,5) <(se 2,8)
0 1.869679 1.530989 1.849134
1 1.869821 1.531483 1.849626
2 1.869881 1.531900 1.849678

# using a for-loop and temp files, first column starts with 1 instead of 0
rm -f tmp.*; cnt=0; for i in 1,5 2,5 2,8; do se $i > tmp.$((cnt++)); done; paste -d ' ' tmp.* | cat -n

答え3

シェルオプションをdist1: unbound variable設定したため、エラーメッセージが表示されます。その後、変数を設定する前に使用nounsetできます。dist1

/REQUESTED STRUCTURE DATA/ { ++n; m = 0 }

$6 == "|r|" { r[n,++m] = $NF }

END {
    for (j = 1; j <= m; ++j) {
        $0 = j - 1
        for (i = 1; i <= n; ++i)
            $(i + 1) = r[i,j]

        print
    }
}

（たとえば、出力をawk ... >DEMLIR_task.txt新しいファイルに保存するためにリダイレクトするために使用します）

データはさまざまな部分に分割され、各部分は行で始まり、REQUESTED STRUCTURE DATA多くのレコードが含まれます。そのレコードは、|r|6番目のフィールドの文字列を検索して見つけることができます。

上記のawkプログラムは、各行の前にカウンターがある列セクションの各レコードの最後のフィールドから収集された番号を出力します。各部分（mコードの）には任意の数のレコードがあり、入力データ（nコードの）には任意の数の部分があるとします。

テスト：

$ awk -f script.awk file
0 1.869679 1.869821 1.869881
1 1.530989 1.531483 1.531900
2 1.849134 1.849626 1.849678

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