さまざまなマシンのさまざまなtmuxプレフィックス

はい、％if /％endifを使用できます。マニュアルには、他のホストでステータスバーの色を変更する例があります（ソースファイルを参照）。プレフィックスオプションを変更する点を除いて同じです。