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여러 파일을 필터링하여 공통 첫 번째 열이 있는 행을 유지합니다.

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여러 파일을 필터링하여 공통 첫 번째 열이 있는 행을 유지합니다.

各ファイルの最初の列に共通の文字列を含む行のみを含めるようにフィルタリングしたい24個のファイルがあります（例では、geneAとgeneFはColumn1の各ファイルに共通の唯一の文字列です）。出力には3つの列を維持する必要があります。ファイルはタブで区切られます。

私のファイルは次のとおりです。

ファイル1.txt

Column1 Column2 Column3
geneA   11  C
geneB   34  T
geneC   22  A
geneD   23  A
geneE   2   G
geneF   34  A

ファイル2.txt

Column1 Column2 Column3
geneA   34  A
geneF   67  G
geneG   77  A
geneZ   45  G
geneY   99  T

ファイル24.txt

Column1 Column2 Column3
geneA   22  A
geneF   7   T
geneL   34  C
geneK   66  A
geneM   34  T
geneP   47  G

私が望む出力は次のとおりです。

ファイル1.txt

Column1 Column2 Column3
geneA   11  C
geneF   34  A

ファイル2.txt

Column1 Column2 Column3
geneA   34  A
geneF   67  G

ファイル24.txt

Column1 Column2 Column3
geneA   22  A
geneF   7   T

答え1

"내부" 편집을 위해 GNU awk를 사용하면 주어진 컬럼1 값이 입력 파일에 여러 번 나타날 수 있는 경우에도 작동합니다.

$ cat tst.awk
BEGIN {
    for (fileNr=1; fileNr<ARGC; fileNr++) {
        file = ARGV[fileNr]
        delete thisFile
        while ( (getline < file) > 0 ) {
            thisFile[$1]
            if ( fileNr == 1 ) {
                common[$1]
            }
        }
        close(file)
        for ( val in common ) {
            if ( !(val in thisFile) ) {
                delete common[val]
            }
        }
    }
}
(FNR == 1) || ($1 in common)

.

$ awk -i inplace -f tst.awk file{1..3}

$ tail -n +1 file{1..3}
==> file1 <==
Column1 Column2 Column3
geneA   11  C
geneF   34  A

==> file2 <==
Column1 Column2 Column3
geneA   34  A
geneF   67  G

==> file3 <==
Column1 Column2 Column3
geneA   22  A
geneF   7   T

그러나 column1 값이 각 파일에 한 번만 나타날 수 있는 경우에는 더 짧아질 수 있습니다.

$ awk -i inplace -v comm="$(cut -f1 file{1..3} | sort | uniq -c | awk '$1==3')" '
    BEGIN{split(comm,tmp); for (i in tmp) common[tmp[i]]} (FNR == 1) || ($1 in common)
' file{1..3}

또는 내부 편집 기능이 있는 awk가 없는 경우:

$ comm="$(cut -f1 file{1..3} | sort | uniq -c | awk '$1==3')"
$ for file in file{1..3}; do
    awk -v comm="$comm" '
        BEGIN{split(comm,tmp); for (i in tmp) common[tmp[i]]} (FNR == 1) || ($1 in common)
    ' "$file" > tmp && mv tmp "$file"
done

答え2

하나의 라이너(조인을 사용하는 /bin/sh 또는 /bin/bash용):

tmp=$(cat file1); for f in file{2..3}; do tmp=$(join -j1 -o1.1 <(echo "${tmp}"|sort) <(sort $f)); done; for f in file{1..3}; do echo "> File $f:"; for i in $(echo $tmp); do grep "^$i\s" $f; done; done

산출:

> File file1:
Column1 Column2 Column3
geneA   11      C
geneF   34      A
> File file2:
Column1 Column2 Column3
geneA   34      A
geneF   67      G
> File file3:
Column1 Column2 Column3
geneA   22      A
geneF   7       T

설명하다:

#!/bin/sh
# find first column members existing in each file
tmp=$(cat file1);
for f in file{2..3}; do
   tmp=$(join -j1 -o1.1 <(echo "${tmp}"|sort) <(sort $f)); 
done;
#
# going through files and printing lines containing found members
for f in file{1..3}; do
    echo "> File $f:";
    for i in $(echo $tmp); do
        grep "^$i\s" $f;
    done;
done

PS 결과만 인쇄하고 파일을 다시 쓰지는 않지만 쉽게 변경할 수 있습니다.

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