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File1の列をFile2の列と一致させ、awkを使用してファイルに印刷します。

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File1の列をFile2の列と一致させ、awkを使用してファイルに印刷します。

私は最初にawkを使用し、file1とfile 2の間の「：」で区切られた列1（例：chr10）と2（例：10000003）を比較し、awkを使用して一致する行を新しいファイルに書き込もうとします。

ファイル1：

chr10：10000003
chr10：10000005
chr10：10000015
chr10：10000017
chr10：100000202
chr10：10000033
chr10：100000380
chr10：10000043
chr10：100000465
chr10：10000052

ファイル2：

chr1:1806476:T/C:-2.12680332451125 0.835119313863368\
chr1:1806503: エアコン:-1.56871277809939 0.764924263070418\
chr10:10000003:C/T:-0.572267893158369 0.607055146639116\
chr1:1825420:C/T: 1.70588504817348 0.22407517592607\
chr1:2019496:G/C: 2.34709890656509 0.147215274051584\
chr1:2019501:C/T:-2.06157612494769 0.82769600171016\
chr10:100000202:C/A: 0.808838763489275 0.362093542746135\
chr1:2028192:G/A:-0.164564659049733 0.534780784989026\
chr1:2029672:C/A:-1.31298871130864 0.727940863740118\
chr1:2228889:C/G:-1.570481759004 0.765170049967457\
chr10:100000465:C/T:-0.701703282910107 0.629368417133545\
chr1:2306256:C/T:-1.72965371800758 0.786695642291442\

期待される出力：ファイル2と同じ形式でファイル2の行を一致させる（上記参照）

chr10:10000003:C/T:-0.572267893158369 0.607055146639116\
chr10:100000202:C/A: 0.808838763489275 0.362093542746135\
chr10:100000465:C/T:-0.701703282910107 0.629368417133545\

これまでに試したコマンドは次のとおりです。

awk -F":\r" 'NR==FNR{a[$1$2]++;next}{if($1$2 in a){print}}' file1.txt file2.txt > output.txt

awk -F":\r" 'NR==FNR{a[($1$2)]++;next}{if(($1$2) in a){print}}' file1.txt file2.txt > 出力。 txt

観察されたエラーは空の出力.txt

エラーを指摘するのに役立ちますか？

よろしくお願いします！

答え1

質問がある場合は、次のコマンドを使用できます。教えてください。

awk 'NR==FNR{a[$1];next}($1 in a){print $0}'  file1 file2

答え2

これはあなたに本当に必要なものです：

$ awk -F':' 'NR==FNR{a[$1,$2]; next} ($1,$2) in a' file1 file2
chr10:10000003:C/T: -0.572267893158369  0.607055146639116\
chr10:100000202:C/A:    0.808838763489275   0.362093542746135\
chr10:100000465:C/T:    -0.701703282910107  0.629368417133545\

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