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条件が満たされたら、行と次の行を削除します。

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条件が満たされたら、行と次の行を削除します。

次のファイルがあり、bashを使用します。

&ACLB032-06|Bos taurus|COI-5P|HM102290
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTCTATATCAACACTTATTC--------
&CYTC426-12|Bos taurus|atp6
ATGAACGAAAATTTATTTACCTCTTTTACCAATTCTAGAGTTTGCAGTAGCTATAATCCAAGCCTATGTATTCACTCTCCTAGTCAGCCTATATCTGCATGACAACACA
&CYTC426-12|Bos taurus|D-loop
AACACTATTAATATAGTTCCATAAATACAAAGCGCTTTCAATACTCAATTTAGCACTCCAAACAAAGTCAATATATAAACGCAGGCCCCCCCCCCC
&CYTC426-12|Bos taurus|COII
ATGGCATATCCCATACAACTAGGATTCCAAGCGGGTCAAACCACAGTTTCATACCCATTGTCCTTGAGTTAGTCCCACTAAAGTACTTTGAAAAATGATCTGCGTCAA
&CYTC426-12|Bos taurus|COI-5P|HQ184039
CATAAAGATATTGGTACCCTTTATCTAAAAAGTCTTCAGCTGATTAGCAACACTTCATGGAGGT
&CYTC426-12|Bos taurus|CYTB
ATGACTAACATTCGAAAGTCCCACCCACTACCTAGTGCTAATACCAACGGCCGGCACAGTCGAAAACAAATTACTAAAATGA

ファイルには百万行を含めることができます。 「COI-5P」文字列とそれに続く行を含む行だけを保持したいと思います。結果は次のとおりです。

&ACLB032-06|Bos taurus|COI-5P|HM102290
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTCTATATCAACACTTATTC--------
&CYTC426-12|Bos taurus|COI-5P|HQ184039
CATAAAGATATTGGTACCCTTTATCTAAAAAGTCTTCAGCTGATTAGCAACACTTCATGGAGGT

しかし、解決策を見つけるのに苦労しています。助けてください？

答え1

試してみることができます（GNU grepと仮定）：

grep -A1 --no-group-separator 'COI-5P' file

マニュアルgrepページには次のように記載されています。

コンテキストライン制御

-A シリアル番号、--after-context=シリアル番号

印刷シリアル番号一致する行の後の末尾のコンテキスト行。--連続して一致するグループ間にグループ区切り記号（）を含む行を配置します。-oまたは、オプションを使用すると--only-matching効果がなく、警告が表示されます。

--no-group-separator

グループ区切り文字として空の文字列を使用します。

テスト：

$ cat file
&ACLB032-06|Bos taurus|COI-5P|HM102290
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTCTATATCAACACTTATTC--------
&CYTC426-12|Bos taurus|atp6
ATGAACGAAAATTTATTTACCTCTTTTACCAATTCTAGAGTTTGCAGTAGCTATAATCCAAGCCTATGTATTCACTCTCCTAGTCAGCCTATATCTGCATGACAACACA
&CYTC426-12|Bos taurus|D-loop
AACACTATTAATATAGTTCCATAAATACAAAGCGCTTTCAATACTCAATTTAGCACTCCAAACAAAGTCAATATATAAACGCAGGCCCCCCCCCCC
&CYTC426-12|Bos taurus|COII
ATGGCATATCCCATACAACTAGGATTCCAAGCGGGTCAAACCACAGTTTCATACCCATTGTCCTTGAGTTAGTCCCACTAAAGTACTTTGAAAAATGATCTGCGTCAA
&CYTC426-12|Bos taurus|COI-5P|HQ184039
CATAAAGATATTGGTACCCTTTATCTAAAAAGTCTTCAGCTGATTAGCAACACTTCATGGAGGT
&CYTC426-12|Bos taurus|CYTB
ATGACTAACATTCGAAAGTCCCACCCACTACCTAGTGCTAATACCAACGGCCGGCACAGTCGAAAACAAATTACTAAAATGA

$ grep -A1 --no-group-separator 'COI-5P' file
&ACLB032-06|Bos taurus|COI-5P|HM102290
NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTATTCTATATCAACACTTATTC-----------
&CYTC426-12|Bos taurus|COI-5P|HQ184039
CATAAAGATATTGGTACCCTTTATCTAAAAAGTCTTCAGCTGATTAGCAACACTTCATGGAGGT

答え2

このコードを使って解決策を見つけました。

awk '/COI-5P/{nr[NR]; nr[NR+1]}; NR in nr' oldfile > newfile

どこ

  • /COI-5P/{nr[NR]; nr[NR+1]}一致する行と後続の行を記録します。
  • NR in nr記録された行を選択して暗黙的に印刷します。

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