非常に複雑なサイクルです。誰でも私を助けることができますか？

Question 1

あなたの仕様を理解していれば - 不一致についてあまり明確ではありませんが - 正確です。 2つのループが必要です

a) デフォルトの .pdb ファイルを探し、

b) 関連するポケットファイル。

ファイルを作成して以前のバージョンを上書きした後、を使用してoutput.txt結果awkファイルに必要なフィールドを抽出します。cded int dirの後にALL試してください。

for FN1 in *.pdb                                                                # loop across all .pdb files
  do    PN="${FN1##*/}"
        PN="${PN%.pdb}"                                                         # construct subdir name
        for FN2 in "${PN/_/.}"/*.pdb                                            # 2nd loop across .pdb files in subdir
          do    "....." -ps -i "$FN1" -gl "$FN2" -o output.txt                  # create output.txt in parent dir
                awk -F: 'FNR == 2  ||                                           # extract desired fields
                         /^AAAAA/  ||
                         /^BBBBB/       {sub (/^ */, "", $2)
                                         printf "%20s%s", $2, /^BBBB/?"\n":""
                                        }
                        ' output.txt >> SUMMARY_ALL.txt                         # and append to result file
          done
  done

結果ファイルの外観の変更（印刷ヘッダー、行形式など）は読者に委ねられます。

Answer

あなたの仕様を理解していれば - 不一致についてあまり明確ではありませんが - 正確です。 2つのループが必要です

a) デフォルトの .pdb ファイルを探し、

b) 関連するポケットファイル。

ファイルを作成して以前のバージョンを上書きした後、を使用してoutput.txt結果awkファイルに必要なフィールドを抽出します。cded int dirの後にALL試してください。

for FN1 in *.pdb                                                                # loop across all .pdb files
  do    PN="${FN1##*/}"
        PN="${PN%.pdb}"                                                         # construct subdir name
        for FN2 in "${PN/_/.}"/*.pdb                                            # 2nd loop across .pdb files in subdir
          do    "....." -ps -i "$FN1" -gl "$FN2" -o output.txt                  # create output.txt in parent dir
                awk -F: 'FNR == 2  ||                                           # extract desired fields
                         /^AAAAA/  ||
                         /^BBBBB/       {sub (/^ */, "", $2)
                                         printf "%20s%s", $2, /^BBBB/?"\n":""
                                        }
                        ' output.txt >> SUMMARY_ALL.txt                         # and append to result file
          done
  done

結果ファイルの外観の変更（印刷ヘッダー、行形式など）は読者に委ねられます。

Question 2

この問題を解決するためのアイデアは

cdデフォルトディレクトリへhome/Desktop/Work
すべてのディレクトリを循環します????_?（ループ変数dir）。
- 一致するファイルがある場合$dir.pdb
  - cdディレクトリ入力$dir
  - すべて繰り返すPocket_*_$dir.pdb
    - コマンドを実行してデータを処理し、対応する出力ファイルを生成します。
    - 出力ファイルからstdoutにデータを正常に抽出した場合
  - cd親ディレクトリに戻る必要がある場合
このループの出力（つまり、抽出されたすべてのデータ）ALL_SUMMARY.txt

cd home/Desktop/Work
# edit: remove old summary file because now the script will append to it
rm SUMMARY_ALL.txt
for dir in ????_?
do
    if [ -f "$dir/$dir.pdb" ]
    then
        cd "$dir"
        for pocket in Pocket_*_"$dir.pdb"
        do
            out="${pocket%.pdb}_OUTPUT.txt"
            # edit: if the command '....' prints output this will end up in the summary file
            # '....' -ps -i "$dir.pdb" -gl "$pocket" -o "$out" && awk '/Pocket File:/ {pocket=$NF} /AAAAAAAAAAAAAAAAAA:/ {aaa1=$(NF-1);aaa2=$NF} /BBBBBBBBBBBBB:/ {bbb=$NF} END {print pocket,aaa1,aaa2,bbb}' "$out"
            '....' -ps -i "$dir.pdb" -gl "$pocket" -o "$out" && awk '/Pocket File:/ {pocket=$NF} /AAAAAAAAAAAAAAAAAA:/ {aaa1=$(NF-1);aaa2=$NF} /BBBBBBBBBBBBB:/ {bbb=$NF} END {print pocket,aaa1,aaa2,bbb}' "$out" >> ../SUMMARY_ALL.txt
        done
        cd ..
    fi
# edit: avoid putting other output into summanry file
# done > SUMMARY_ALL.txt
done

メモ:

このコードはテストされていません。

&&出力ファイルを生成するコマンドは、このコマンドとawkデータを抽出するコマンドの間で使用するために、成功時にステータス0、エラー時に!=0で終了すると仮定します。

このawkコマンドは、単一のファイルを処理する場合にのみ適しています。（ここではこれを使用します。）一度にすべての出力ファイルを処理するには、スクリプトを変更する必要があります。

Answer