「a」「c」「t」または「g」で始まらず、次の行が「>」で始まる場合は、行を削除したいと思います。次の例では、「`>> seq3」が削除されました。
入力する：
>seq1
actgatgac
>seq2
ctgacgtca
>seq3
>seq4
gtagctagt
>seq5
tgacatgca
予想出力：
>seq1
actgatgac
>seq2
ctgacgtca
>seq4
gtagctagt
>seq5
tgacatgca
私は成功せずにsed（sed '/^>.*/{$!N;/^>.*/!P;D}'と）を使ってみました。sed '/^>/{$d;N;/^[aA;cC;gG;tT]/!D}'
答え1
次のように試すことができます。
$ sed -e '$!N;/^>.*\n>/D' -e 'P;D' file
>seq1
actgatgac
>seq2
ctgacgtca
>seq4
gtagctagt
>seq5
tgacatgca
それは
- 2行のバッファを維持してください
$!N...P;D - 改行文字で始まり
>、>その後に別の改行文字があるパターンを探します。 - 改行文字まで削除
答え2
奇妙な例：
awk 'BEGIN {lasta="XXX"} {if ($0 !~ /^ *>/) printf("%s\n%s\n",lasta,$0); lasta=$0;}' fileNAME.txt
等しい
cat fileNAME.txt | awk 'BEGIN {lasta="XXX"} {if ($0 !~ /^ *>/) printf("%s\n%s\n",lasta,$0); lasta=$0;}'
答え3
お持ちの場合pcregrepインストール後、次のことを試すことができます。
pcregrep -M '^>.*\n[^>]' file
説明する
-M複数行を一致させる>改行文字で始まり、終わり、後に改行文字が来ないパターンを探します。>
答え4
awkコマンドを使ってみるとうまくいきます。
awk '{a[++i]=$0}/^[actg]/{for(x=NR-1;x<=NR;x++)print a[x]}' file.txt
出力
>seq1
actgatgac
>seq2
ctgacgtca
>seq4
gtagctagt
>seq5
tgacatgca