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出力フォルダ名の変更[閉じる]

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出力フォルダ名の変更[閉じる]

別のファイルを繰り返し実行し、そのファイルでプログラムを実行しようとしています。

multigeneblastは、.HTMLファイルを含むディレクトリを作成します。

私が見つけた問題は、各出力を新しいディレクトリに保存する必要があることです。そうしないと、前の繰り返しで行われた操作が失われます。

毎回出力フォルダの名前を変更するカウンタ（c）を追加するアイデアがあります。ただし、最初の反復後にこれを行うと、数値は変更されず、次のファイルでディレクトリが上書きされます。

-outの右側は、各反復で変更したいディレクトリの名前です。

これは私のコードです

 c=1
 for f in ./*.fasta
 do
 ./multigeneblast -in "${f}" -db betaproteobacteria.pal -minpercid 10 -distancekb 20 -out "${c}MGB_ycei" 
 c=$((c+1))
 done

期待される出力

1MGB_ycei 2MGB_ycei. 。 。 nMGB_ycei

私が間違っていることを知っていますか？

答え1


c=1
 for f in ./*.fasta
 do
 ./multigeneblast -in "${f}" -db betaproteobacteria.pal -minpercid 10 -distancekb 20 -out ${c}_"MGB_ycei" 
 c=$((c+1))
 done

引用符の外側にカウンターを入力し、引用符内に文字列を入力してください。

パラメータはoutイテレータを引用符の外に置きます。

下線はここでは関係ありません

${c}."MGB_ycei"

ここで要点を維持しても大丈夫です。

これは、使用されたエンコーディングによるものかもしれません。./multigeneblast

薬物ドッキングリガンドと受容体を準備するためのPythonスクリプトでも同様の問題に直面しました。スクリプトがPythonicである可能性があるためかもしれません。

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