特定のデータを別のディレクトリの複数のファイルに抽出する

Question 1

gnu grep、sed、および3つのディレクトリを使用してbashで作業しているとします。

$ ls
1trg_A  2ert_B  6yus_1

Bashでglobstar機能を使用できます（**）

$ ls **/Pocket_*.pdb_OUTPUT.txt
1trg_A/Pocket_001_1trg_A.pdb_OUTPUT.txt  2ert_B/Pocket_001_2ert_B.pdb_OUTPUT.txt  6yus_1/Pocket_003_6yus_1.pdb_OUTPUT.txt

grepを使って目的の行を見つけるだけです。

$ grep -e '^Exposed To Solvent:' **/Pocket_*.pdb_OUTPUT.txt
1trg_A/Pocket_001_1trg_A.pdb_OUTPUT.txt:Exposed To Solvent:     133.3   (28.9%)
2ert_B/Pocket_001_2ert_B.pdb_OUTPUT.txt:Exposed To Solvent:     125.4   (49.9%)
6yus_1/Pocket_003_6yus_1.pdb_OUTPUT.txt:Exposed To Solvent:     45.3   (22.4%)

次に、sedを使用して抽出された行を変更する必要があります。完全なコマンドは次のとおりです。

$ grep -e '^Exposed To Solvent:' **/Pocket_*.pdb_OUTPUT.txt | sed -e 's/^.*\(Pocket.*\.pdb\).*:/\1/;s/[()]//g' >myfile
$ cat myfile
Pocket_001_1trg_A.pdb     133.3   28.9%
Pocket_001_2ert_B.pdb     125.4   49.9%
Pocket_003_6yus_1.pdb     45.3   22.4%

注：2ert_BフォルダにPocket_001_1trg_A.pdb_OUTPUT.txtファイルがないとします。

Answer

gnu grep、sed、および3つのディレクトリを使用してbashで作業しているとします。

$ ls
1trg_A  2ert_B  6yus_1

Bashでglobstar機能を使用できます（**）

$ ls **/Pocket_*.pdb_OUTPUT.txt
1trg_A/Pocket_001_1trg_A.pdb_OUTPUT.txt  2ert_B/Pocket_001_2ert_B.pdb_OUTPUT.txt  6yus_1/Pocket_003_6yus_1.pdb_OUTPUT.txt

grepを使って目的の行を見つけるだけです。

$ grep -e '^Exposed To Solvent:' **/Pocket_*.pdb_OUTPUT.txt
1trg_A/Pocket_001_1trg_A.pdb_OUTPUT.txt:Exposed To Solvent:     133.3   (28.9%)
2ert_B/Pocket_001_2ert_B.pdb_OUTPUT.txt:Exposed To Solvent:     125.4   (49.9%)
6yus_1/Pocket_003_6yus_1.pdb_OUTPUT.txt:Exposed To Solvent:     45.3   (22.4%)

次に、sedを使用して抽出された行を変更する必要があります。完全なコマンドは次のとおりです。

$ grep -e '^Exposed To Solvent:' **/Pocket_*.pdb_OUTPUT.txt | sed -e 's/^.*\(Pocket.*\.pdb\).*:/\1/;s/[()]//g' >myfile
$ cat myfile
Pocket_001_1trg_A.pdb     133.3   28.9%
Pocket_001_2ert_B.pdb     125.4   49.9%
Pocket_003_6yus_1.pdb     45.3   22.4%

注：2ert_BフォルダにPocket_001_1trg_A.pdb_OUTPUT.txtファイルがないとします。

Question 2

私はこれfindに到達することはできませんでしたawk

find . -type f -name "Pocket*.pdb" -exec awk -F: '$1~"Solvent"{last = split(FILENAME, bits, "/"); print bits[last],$2}' {} \;

Pocket_003_6yus_1.pdb      45.3   (22.4%)
Pocket_001_2ert_B.pdb      125.4   (49.9%)

牙

パターンに一致するすべてのファイルで. find次のコードを使用します。-type f-name"Pocket*.pdb"-exec

find . -type f -name "Pocket*.pdb" -exec

awk-F:興味のあるテキストが見つかるまで、フィールド区切り文字を使用して各ファイルを1行ずつ繰り返します。$1~"Solvent"

  awk -F: '$1~"Solvent"{

一致するものが見つかると、分割されたビット数が保存さsplitれ、ファイル名（in）と必要なデータが保存され、処理は不要になります。個別に見つかった各ファイルに対して個別にこれを行います。FILENAMEbits[]/lastprintbits[last]$2exitawk{}\;

    last = split(FILENAME, bits, "/"); print bits[last],$2; exit 1}' {} \;

しかし、最終的に入力した後@renaudglobstarと一緒にawk

awk -F: '$1~"Solvent"{last = split(FILENAME, bits, "/"); print bits[last],$2; exit 1}' **/Pocket*.pdb

Pocket_001_2ert_B.pdb      125.4   (49.9%)
Pocket_003_6yus_1.pdb      45.3   (22.4%)

ただ順序が違うだけです。

Answer