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gzip -t 出力 "gzip: filename.gz: 追加フィールドの X バイトを無視する"

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gzip -t 出力 "gzip: filename.gz: 追加フィールドの X バイトを無視する"

.gzファイルがたくさんあり、gzip -t -vファイルを使用してデータ転送後の整合性を確認していますが、結果は次のとおりです。

gzip: C2_CRRA200017850-1a_H3LJWDSXY_L1_2.fq.gz: extra field of 6 bytes ignored
gzip: C2_CRRA200017850-1a_H3LJWDSXY_L1_2.fq.gz: extra field of 6 bytes ignored
gzip: C2_CRRA200017850-1a_H3LJWDSXY_L1_2.fq.gz: extra field of 6 bytes ignored
gzip: C2_CRRA200017850-1a_H3LJWDSXY_L1_2.fq.gz: extra field of 6 bytes ignored
gzip: C2_CRRA200017850-1a_H3LJWDSXY_L1_2.fq.gz: extra field of 6 bytes ignored
gzip: C2_CRRA200017850-1a_H3LJWDSXY_L1_2.fq.gz: extra field of 6 bytes ignored
....
gzip: C2_CRRA200017850-1a_H3LJWDSXY_L1_2.fq.gz: extra field of 6 bytes ignored
gzip: C2_CRRA200017850-1a_H3LJWDSXY_L1_2.fq.gz: extra field of 6 bytes ignored
gzip: C2_CRRA200017850-1a_H3LJWDSXY_L1_2.fq.gz: extra field of 6 bytes ignored
gzip: C2_CRRA200017850-1a_H3LJWDSXY_L1_2.fq.gz: extra field of 6 bytes ignored
gzip: C2_CRRA200017850-1a_H3LJWDSXY_L1_2.fq.gz: extra field of 6 bytes ignored
gzip: C2_CRRA200017850-1a_H3LJWDSXY_L1_2.fq.gz: extra field of 6 bytes ignored
gzip: C2_CRRA200017850-1a_H3LJWDSXY_L1_2.fq.gz: extra field of 6 bytes ignored
gzip: C2_CRRA200017850-1a_H3LJWDSXY_L1_2.fq.gz: extra field of 6 bytes ignored
gzip: C2_CRRA200017850-1a_H3LJWDSXY_L1_2.fq.gz: extra field of 6 bytes ignored
OK

この繰り返し行は何を意味し、最終的なOKを出力として取得するにはどうすればよいですか？

答え1

これは通常の現象であり、ファイルには何の問題もありません。ただ彼らがそうです。アーカイブgzipファイルの代わりにファイル。 Bgzipには、gzipが知らないいくつかの追加フィールドがあります。

bgzip で書かれた BGZF フォーマットは SAM フォーマット仕様で説明されています。http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf。 gzip機能を利用して圧縮ファイルをリンクします。入力データは圧縮前後（圧縮ヘッダを含む）64KB以下のチャンクに分けられます。各チャンクはgzipファイルに圧縮されます。 gzipヘッダーには、識別子「BC」と圧縮ブロックの長さ（すべてのヘッダーを含む）を含む追加のサブフィールドが含まれています。

したがって、これらのメッセージを無視したり、-v不要なオプションを削除したりすることができbgzip -tますgzip -t。

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