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ファイルリストからスクリプトを実行する

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ファイルリストからスクリプトを実行する

.vcfファイルをインポートしてファイルを解析し、.txtに書き込むスクリプトがあります。

grep -v "#" file.vcf | sed 's/chrM/MT/' | sed 's/chrX/X/' | sed 's/chrY/Y/' | awk '{print $1,$2,$2,$4"/"$5,"+"}' | sed 's/chr//g' > vcf_output.txt

.vcfこのスクリプトを同時に実行し、そのファイル名.vcfで各ファイルの出力を作成したい27個のファイルがあります。.txt.vcf

Googleでこれを見つけましたが、実行後に何も起こりませんでした

for f in *.vcf; do
    script "$f" > "${f%.*}.txt"
done

私は以下のようなものを使用しました。

for f in *.vcf; do

grep -v "#" | sed 's/chrM/MT/' | sed 's/chrX/X/' | sed 's/chrY/Y/' | awk '{print $1,$2,$2,$4"/"$5,"+"}' | sed 's/chr//g' "$f" > "${f%.*}.txt"
    done

私も試しました

(base) loan-mac-13:Pre_Treatment fi1d18$ find -type f -name "*.vcf" | xargs grep -v "#" | sed 's/chrM/MT/' | sed 's/chrX/X/' | sed 's/chrY/Y/' | awk '{print $1,$2,$2,$4"/"$5,"+"}' | sed 's/chr//g' "$f" > "${f%.*}.txt"
find: illegal option -- t
usage: find [-H | -L | -P] [-EXdsx] [-f path] path ... [expression]
       find [-H | -L | -P] [-EXdsx] -f path [path ...] [expression]
sed: : No such file or directory
(base) loan-mac-13:Pre_Treatment fi1d18$

私に役立つようにどのように推進できますか？

答え1

script "$f"Google出力をシェルループスクリプトから（欠落している）に変換してから、grep -v "#"それを使用するのではなく、スクリプトの間違った場所で使用しています。"$f""$f"{}xargs

とにかく、awkを使用すると、パイプラインにsedとgrepがあまり必要ありません。入力/出力の例を提供していないので、次のawkスクリプトは既存のパイプラインを直接変換したものです。より良い書き方があるかもしれませんが、このawkスクリプトが必要です。シェルループやその他の項目はありません。 :

awk '
    FNR == 1 {
        close(out)
        out = FILENAME
        sub(/\.vcf$/,".txt",out)
    }
    !/#/ {
        sub(/chrM/,"MT")
        sub(/chrX/,"X")
        sub(/chrY/,"Y")
        $0 = $1 OFS $2 OFS $2 OFS $4 "/" $5 OFS "+"
        gsub(/chr/,"")
        print > out
    }
' *.vcf

grep+seds+awk パイプを使用するのと同じように、より少ない行で作成するには、各行の後を除き、削除するすべての改行にセミコロンを使用できます。{たとえば、次のようになります。

awk 'FNR==1{close(out); out=FILENAME; sub(/\.vcf$/,".txt",out)} !/#/{sub(/chrM/,"MT"); sub(/chrX/,"X"); sub(/chrY/,"Y"); $0=$1 OFS $2 OFS $2 OFS $4 "/" $5 OFS "+"; gsub(/chr/,""); print > out}' *.vcf

答え2

findとxargsを使用してこれを行うことができます。

検索はすべてのファイルを一覧表示します。

find -type f -name "*.vcf"

xargsを使用すると、見つかったすべてのファイルに対して操作を実行できます。

find -type f -name "*.vcf" | xargs grep -v "#" | sed 's/chrM/MT/' | sed 's/chrX/X/' | sed 's/chrY/Y/' | awk '{print $1,$2,$2,$4"/"$5,"+"}' | sed 's/chr//g' "$f" > "${f%.*}.txt"

私はこれをする必要がありますか？

挨拶

答え3

以下は、プロセスを変更せずに機能する必要があります。パイプラインの最初のコマンドであるgrepには何も入力しませんでした。だから何も動かなかった。

for f in *.vcf; do

< "$f"  grep -v "#" | sed 's/chrM/MT/' | sed 's/chrX/X/' | sed 's/chrY/Y/' | awk '{print $1,$2,$2,$4"/"$5,"+"}' | sed 's/chr//g'  > "${f%.*}.txt"
    done

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