単純なcpコマンドは機能しません（シェルスクリプト内のクラスタでsbatchコミットを使用）。

Question

この${d%?}設定は、たとえばPOSIXシェルでは機能しませんsh。オペレーティングシステムによっては、sh単純なPOSIXシェルdash（DebianやUbuntuなど）を使用したり、bashPOSIXモードで実行したりできます。どちらの場合も${d%?}理解できないため、スクリプトが破損する可能性が高くなります。

簡単な解決策は#!/bin/bash。しかし、スクリプトも不必要に複雑に見えます。一方では、${d%?}ディレクトリ名から末尾のスラッシュを削除するだけで問題になりますが、まったく役に立ちません。

$ d="bar/"
$ cd $d
$ pwd
/home/terdon/foo/bar

ディレクトリ名の末尾に1つ以上のスラッシュがあっても大丈夫です。これcd barを行うcd bar/かcd bar//////////。

cdつまり、最初は必要ではなく、理由がなく複雑性階層を追加するだけです。以下はスクリプトの単純化されたバージョンです。

#!/bin/bash
for d in lambda.*/
do

  mv Transfer/"$d"/ENMIN/  "$d"
  echo "Transferred"
  ( ## open a subshell so the cd only hapens in the subshell
    ## and doesn't affect the script
    cd "$d"/ENMIN/ && 
      time mpirun -np $SLURM_NTASKS gmx_mpi mdrun -v -stepout 1000 -s enmin.tpr -deffnm enmin
  )
  echo "Energy minimization done of $d cycle"
  echo "Copying to OutboundTransfer"
  mkdir Transfer/"$d"
  cp -r "$d"/ENMIN Transfer/"$d"
  echo "Copied"
done

これがどのように機能するのかわかりませんが、sbatchあなたの説明によれば、おそらくスクリプトを実行してshshebangを無視するように聞こえます。上記のバージョンを試すsbatch bash MyScript.shか、単に試してみることもできます。すべてのshスタイルシェルに移植可能でなければなりません。とにかく唯一の問題はそれがあるため、${d%?}削除するとすべての問題が解決されます。

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