fa
Linux端末で使用するためにファイル形式を変換しようとしていますfq
。seqkit
コマンドは簡単で、以下のようになります。
seqkit fq2fa Std_metabat2_bin.9_sub.fa -o Std_metabat2_bin.9_sub.fq -j 20
しかし、200を超えるファイル(メタゲノムファイルストア)がありますが、fa
一度に1つのファイルを変換するよりも良い方法があるかどうか疑問に思います。
答え1
for
1つの解決策は、ループを使用して.fa
ディレクトリ内のすべてのファイルを変換することです。
for file in *.fa; do seqkit fq2fa "$file" -o $(basename "$file" .fa).fq -j 20; done