Waylandでハイパー修飾キーを設定できますか？

HyperはCTRL、ALT、SUPERの組み合わせです。

少なくともそうです。R_ALT-to-HyperプラグインHID evdevの場合ブロックツールできる。

Evdev レイヤーは X11 と Wayland よりも低いため、Hyper使用するすべての UI システムで使用できます。