親フォルダなどのサブフォルダのファイル名を変更し、中央フォルダに移動します。

#! /bin/bash

shopt -s globstar  #enabled for '**' to match all files &directories recursively
#shopt -s dotglob  #uncomment to enable to match on hidden files/directories too

cd /path/to/directory/Root
for pathname in ./**/*; do
    [[ -f "$pathname" ]] && echo mv -v -- "$pathname" "${pathname%%/*}/${pathname%%/*}.${pathname##*.}";
done

##then remove remained empty directories
for pathname in ./**/*; do
    [[ -d "$pathname" && -z "$(ls -A -- "$pathname")" ]] && rm -r -- "$pathname";
done

• [[ -f "$pathname" ]]ファイル$pathnameであることを確認してくださいf
• ${pathname%%/*}：使用シェルパラメータ拡張、パラメータから最長のサフィックスを削除しますpathname。最初のスラッシュ文字の前の内容をすべて切り取ります/。
• ${pathname##*.}"：同じですが、引数から最長の接頭辞を削除し、pathname最後のドット文字まですべてを切り捨てます.。
• [[ -d "$pathname" ]]ディレクトリ$pathnameであることを確認してください。d
• ... && -z "$(ls -A -- "$pathname")"次に、デフォルト名が次のようになっていることを確認します。pathname これはディレクトリです。空ですか？。

echo結果が満足であれば削除してください。

POSIX的に：

cd Root &&
  LC_ALL=C find . \
    -name '.?*' -prune -o \
      -path './*/*/*' \
      -prune \
      -name '*.*' \
      -type f \
      -exec sh -c '
        ret=0
        for file do
          ext=${file##*.}
          sub=${file%/*/*}
          subname=${sub##*/}
          echo mv -i "$file" "$sub/$subname.$ext" || ret=$?
        done
        exit "$ret"' {} +

echo（満足すれば削除）

その後、次のコマンドを使用して空のディレクトリを削除できます。

find . -depth -type d -exec rmdir {} + 2> /dev/null

またはfind非標準-emptyの合計をサポートする場合-delete:

find . -type d -empty -delete

（-deleteヒント-depth）。