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awkを使用してファイルの複数行を連結して合計する方法

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awkを使用してファイルの複数行を連結して合計する方法

ファイルがありますA.csv（フィールド区切り記号= ,）。

Lane,SampleID,Index,# Reads,# Perfect Index Reads,# One Mismatch Index Reads,# of >= Q30 Bases (PF),Mean Quality Score (PF)
1,4331099,AACCATAGAA-CCATCTCGCC,301713,291343,10370,10159753,33.99
1,4360506,GCCGCACTCT-CGAGGTCGGA,271546,261268,10278,9107606,33.91
2,4331099,AACCATAGAA-CCATCTCGCC,297033,286679,10354,10036901,34.06
2,4360506,GCCGCACTCT-CGAGGTCGGA,266222,255838,10384,8954558,33.96
3,4331099,AACCATAGAA-CCATCTCGCC,293499,281393,12106,9838039,33.89
3,4360506,GCCGCACTCT-CGAGGTCGGA,262214,249940,12274,8741308,33.78
4,4331099,AACCATAGAA-CCATCTCGCC,289896,277519,12377,9735725,33.93
4,4360506,GCCGCACTCT-CGAGGTCGGA,255337,243245,12092,8530109,33.82

SampleID行をリンクし、その列を印刷し、別の列をIndex合計し、# Reads,# Perfect Index Reads,# One Mismatch Index Reads,# of >= Q30 Bases (PF),Mean Quality Score (PF)その列を削除したいと思いますLane。結果を次のように別のファイルに入れます。

SampleID,Index,# Reads,# Perfect Index Reads,# One Mismatch Index Reads,# of >= Q30 Bases (PF),Mean Quality Score (PF)
4331099,AACCATAGAA-CCATCTCGCC,1182141,1136934,45207,39770418,135.87
4360506,GCCGCACTCT-CGAGGTCGGA,1055319,1010291,45028,35333581,135.47

awkこれを行うためのコマンド（またはその他）がありますか？

次のようないくつかのテストを行いましたが、まだ起動していません。

awk '{
      if(NR!=2){a[$1]=$2";"a[$1]}
      else print $0}
    END{
      n = asorti(a, b);
      for (n in b) {
      print b[n],a[b[n]]
      }
    }'

事前にありがとう

答え1

gawk -F, -v s=4 '
    NR>1{ for(c=s; c<=NF; c++) sum_[c][$2 FS $3] +=$c; next }
        { sub(/^[^,]*,/ ,""); print }
END{ for(r in sum_[s]){
         printf ("%s", r);
         for(i=s; i<=NF; i++) printf (",%s", sum_[i][r]);
         print ""
     };
}' infile

注文を元のファイルに保ちます。

gawk -F, -v s=5 '
    NR>1{ 
          if(!seen[$3 FS $4]) seen[$3 FS $4]=$1;
          for(c=s; c<=NF; c++) sum_[c][$3 FS $4] +=$c; next 
        }
        { sub(/^([^,]*,){2}/ ,""); print "1 "$0 }
END{ for(r in sum_[s]){
         printf ("%s %s", seen[r], r);
         for(i=s; i<=NF; i++) printf (",%s", sum_[i][r]);
         print ""
     };
}' <(nl -s ',' -w 1 infile) |sort |cut -d' ' -f2-

または、datamash好みのGNUを使用してください。

datamash -H  -t,  -s  -g2,3  sum 4-8 <infile

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