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複数のファイルから複数の列を抽出し、1つのテーブルにマージします。

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複数のファイルから複数の列を抽出し、1つのテーブルにマージします。

500に近いファイルがあり、各ファイルには120を超える列があり、その一部は空です。

hghflf.maf
lnuegflkn.maf
jdfrlbvfl11.maf
jkfbrhw4rkb4.maf
....

以下は、最初の数列（合計148列）のデータヘッダーの例です。

  Hugo_Symbol Entrez_Gene_Id Center NCBI_Build Chromosome Start_Position
1     Unknown              0      .     GRCh38       chr2        4871838
2    RNU5E-7P              0      .     GRCh38       chr2       15866667
3      CAPN13              0      .     GRCh38       chr2       30736899
4     Unknown              0      .     GRCh38       chr2       35346478

1、4、5列のみを抽出し、各ファイルに対して最後の列（column43 + column41 / column43）（この列は例には示されていません）を作成し（合計4列）、すべてのファイルに対してマージしたいと思います。テーブルとして。何をすべきか知っていますか？

[編集]column -t読みやすくするために解析されました：

Hugo_Symbol  Entrez_Gene_Id  Center  NCBI_Build  Tumor_Sample_Barcode  Chromosome  Start_Position  Reference_Allele  Tumor_Seq_Allele2  Reference_Allele
Unknown      0               .       GRCh37      10-26934N             2           181552          T                 C                  T
Unknown      0               .       GRCh37      10-26934N             2           2742215         G                 A                  G
PQLC3        0               .       GRCh37      10-26934N             2           11291948        C                 T                  C
MIR3681HG    0               .       GRCh37      10-26934N             2           12522789        C                 A                  C
AC010880.1   0               .       GRCh37      10-26934N             2           16536811        C                 G                  C
Unknown      0               .       GRCh37      10-26934N             2           17111275        A                 C                  A
Unknown      0               .       GRCh37      10-26934N             2           19044748        A                 -                  A
Unknown      0               .       GRCh37      10-26934N             2           19114714        A                 G                  A
AC018742.1   0               .       GRCh37      10-26934N             2           21935272        T                 C                  T

答え1

使用awk:

awk 'NR==1{ print $1, $4, $5, "Median" }
     FNR>1{ print $1, $4, $5, ($41+$43)/$43 }' ./multiple-files* >single-table-output

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