WindowsからLinuxに変更されるファイル形式は何ですか？

WindowsコンピュータからLinuxサーバーに.zipファイルを転送しています。ファイルの内容は変わりますか？ファイルを直接変更すると、Linuxではこれ以上使用できなくなるのがWindowsとLinuxの違いによるのでしょうか？