GROMACS(ソフトウェアパッケージ)を使用して分子動力学を実行すると、ユーザーに一連の対話型質問が表示されます。いくつかのインタラクティブな問題を回避するために、値を関数にパラメータとして渡すことができることがわかっていますが、残りの関数については(値を事前に渡すために)適切なパラメータを見つけることができません。だから私はbashが私たちに代わって答えるためにコードスニペットを使うことができるかどうか疑問に思いました。たとえば、
私たちがコードを実行すると
gmx genion -s ions.tpr -o solv_ions.gro -p topol.top -pname NA -nname CL -neutral
我々は一連のオプションを取得します
Select a continuous group of solvent molecules
Group 0 ( System) has 14020 elements
Group 1 ( Protein) has 1095 elements
Group 2 ( Protein-H) has 548 elements
Group 3 ( C-alpha) has 71 elements
Group 4 ( Backbone) has 213 elements
Group 5 ( MainChain) has 283 elements
Group 6 ( MainChain+Cb) has 346 elements
Group 7 ( MainChain+H) has 354 elements
Group 8 ( SideChain) has 741 elements
Group 9 ( SideChain-H) has 265 elements
Group 10 ( Prot-Masses) has 1095 elements
Group 11 ( non-Protein) has 12925 elements
Group 12 ( Other) has 49 elements
Group 13 ( LIG) has 49 elements
Group 14 ( Water) has 12876 elements
Group 15 ( SOL) has 12876 elements
Group 16 ( non-Water) has 1144 elements
Select a group:
値15を手動で入力する必要があります。自動的に15を入力できますか?この質問には2つの部分があります。まず、対話型クエリの「SOL」とは何かを理解してから、適切な数字(15など)を入力します。しかし、ほぼ常に対応する値「15」が渡される。したがって、一般的な解決策は値を渡すだけでうまく機能します。