大きなファイル（.sdf）があり、特殊文字（$$$$検索）を使用して小さなファイルに分割したいです。
sdfファイルは次のとおりです。
vercirnon
OpenBabel12162112363D
30 32 0 0 0 0 0 0 0 0999 V2000
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9.5370 6.8058 -0.7024 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
8.9692 7.2294 -2.0790 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
10.9840 6.3066 -0.9295 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
8.7040 5.7067 -0.0175 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
9.1113 5.2073 1.2337 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
8.3733 4.2234 1.8957 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
7.2091 3.7212 1.3148 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
6.2780 2.4897 2.2251 S 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
6.8993 1.1790 2.0362 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
5.8588 2.9960 3.5333 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.9981 2.2950 1.5012 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.8722 3.1731 1.3833 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.9973 4.5103 1.8031 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.9406 5.4112 1.6839 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1.7284 4.9785 1.1608 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.3923 6.0759 1.0574 Cl 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1.5746 3.6564 0.7477 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
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2.4135 1.3214 0.4021 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.1426 0.4511 0.8208 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1.2975 0.9364 -0.5087 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.5786 1.7825 -1.3567 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
-0.4392 1.2632 -2.1615 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
-0.7443 -0.0390 -2.1595 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
-1.6669 -0.4714 -2.8846 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
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27 28 1 0 0 0 0
29 30 2 0 0 0 0
M END
$$$$
BMCL2016_20
OpenBabel12162112363D
27 30 0 0 0 0 0 0 0 0999 V2000
1.7921 2.8234 -0.2356 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
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3.7558 1.3491 0.1528 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
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3.7062 -1.0464 0.6362 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.7583 -1.2832 -0.2567 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
5.2901 -2.6928 -0.4837 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.1934 -3.6802 -0.7756 N 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.6094 -3.8094 -1.9125 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.8079 -3.1344 -3.2109 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.6857 -2.3007 -3.2802 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.0661 -3.4129 -4.3038 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.6185 -4.7945 -1.8075 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.6833 -5.2233 -0.4919 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1.9431 -6.1495 0.1174 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.2260 -6.3518 1.4133 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.2272 -5.6463 2.0980 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.5189 -5.9726 3.7741 Cl 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.9903 -4.6817 1.4401 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.6977 -4.4753 0.0988 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
5.3011 -0.1919 -0.9458 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.8099 1.1011 -0.7442 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.1193 3.0497 1.9295 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.7571 4.5058 2.2596 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.6882 5.3885 1.6530 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.6783 5.2898 0.2371 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.0923 3.8800 -0.1877 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1 2 1 0 0 0 0
2 3 1 0 0 0 0
2 23 1 0 0 0 0
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10 11 2 0 0 0 0
10 12 1 0 0 0 0
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14 15 1 0 0 0 0
14 20 1 0 0 0 0
15 16 1 0 0 0 0
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17 18 1 0 0 0 0
17 19 1 0 0 0 0
19 20 2 0 0 0 0
21 22 2 0 0 0 0
23 24 1 0 0 0 0
24 25 1 0 0 0 0
25 26 1 0 0 0 0
26 27 1 0 0 0 0
M CHG 1 8 1
M END
$$$$
BMCL2016_19
OpenBabel12162112363D
24 26 0 0 0 0 0 0 0 0999 V2000
7.4483 1.0368 0.6595 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
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8.7614 0.3379 2.0658 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
7.9192 -1.2687 0.5814 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
8.5726 -2.3934 1.0856 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
8.1380 -3.4812 0.3334 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
8.4995 -4.8363 0.4795 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
7.8411 -5.6890 -0.4439 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
6.9259 -5.2387 -1.3981 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
6.1791 -6.3752 -2.4701 Cl 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
6.6087 -3.8841 -1.4962 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
7.2318 -3.0081 -0.6162 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
7.1404 -1.6587 -0.4670 N 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
6.2065 -0.8240 -1.2132 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.8399 -0.6829 -0.5536 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.5003 -1.3309 0.6427 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.2340 -1.1639 1.2097 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.2730 -0.3639 0.5911 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.9259 -0.1249 1.2502 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.9644 -0.2517 2.6331 F 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.4125 1.1039 0.9805 F 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.0346 -1.0091 0.8151 F 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.6134 0.3005 -0.5873 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.8777 0.1379 -1.1594 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1 2 2 0 0 0 0
2 3 1 0 0 0 0
2 4 1 0 0 0 0
4 5 1 0 0 0 0
4 13 2 0 0 0 0
5 6 2 0 0 0 0
6 7 1 0 0 0 0
6 12 1 0 0 0 0
7 8 1 0 0 0 0
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9 10 1 0 0 0 0
9 11 1 0 0 0 0
11 12 2 0 0 0 0
12 13 1 0 0 0 0
13 14 1 0 0 0 0
14 15 1 0 0 0 0
15 16 2 0 0 0 0
15 24 1 0 0 0 0
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17 18 2 0 0 0 0
18 19 1 0 0 0 0
18 23 1 0 0 0 0
19 20 1 0 0 0 0
19 21 1 0 0 0 0
19 22 1 0 0 0 0
23 24 2 0 0 0 0
M CHG 1 13 1
M END
このファイルを$$$$文字で分割して削除したいです。また、新しいファイルの名前は、最初の行（名前）と拡張子を使用して変更する必要があります.sdf。結果は次のようになります。
ファイル1 =vercirnon.sdf
vercirnon
OpenBabel12162112363D
30 32 0 0 0 0 0 0 0 0999 V2000
9.5587 8.0626 0.2010 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
9.5370 6.8058 -0.7024 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
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10.9840 6.3066 -0.9295 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
8.7040 5.7067 -0.0175 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
9.1113 5.2073 1.2337 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
8.3733 4.2234 1.8957 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
7.2091 3.7212 1.3148 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
6.2780 2.4897 2.2251 S 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
6.8993 1.1790 2.0362 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
5.8588 2.9960 3.5333 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.9981 2.2950 1.5012 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.8722 3.1731 1.3833 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.9973 4.5103 1.8031 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.9406 5.4112 1.6839 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1.7284 4.9785 1.1608 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.3923 6.0759 1.0574 Cl 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1.5746 3.6564 0.7477 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.6388 2.7433 0.8212 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.4135 1.3214 0.4021 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.1426 0.4511 0.8208 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1.2975 0.9364 -0.5087 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.5786 1.7825 -1.3567 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
-0.4392 1.2632 -2.1615 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
-0.7443 -0.0390 -2.1595 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
-1.6669 -0.4714 -2.8846 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
-0.0490 -0.8769 -1.3832 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.9865 -0.4274 -0.5611 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
6.7891 4.1887 0.0683 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
7.5337 5.1733 -0.5887 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1 2 1 0 0 0 0
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16 18 1 0 0 0 0
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20 22 1 0 0 0 0
22 23 1 0 0 0 0
22 28 1 0 0 0 0
23 24 1 0 0 0 0
24 25 1 0 0 0 0
25 26 1 0 0 0 0
25 27 1 0 0 0 0
27 28 1 0 0 0 0
29 30 2 0 0 0 0
M END
ファイル2 =BMCL2016_20.sdf
BMCL2016_20
OpenBabel12162112363D
27 30 0 0 0 0 0 0 0 0999 V2000
1.7921 2.8234 -0.2356 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
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3.7558 1.3491 0.1528 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.2150 0.2459 0.8374 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.7062 -1.0464 0.6362 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.7583 -1.2832 -0.2567 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
5.2901 -2.6928 -0.4837 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.1934 -3.6802 -0.7756 N 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.6094 -3.8094 -1.9125 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.8079 -3.1344 -3.2109 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.6857 -2.3007 -3.2802 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.0661 -3.4129 -4.3038 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.6185 -4.7945 -1.8075 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.6833 -5.2233 -0.4919 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1.9431 -6.1495 0.1174 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.2260 -6.3518 1.4133 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.2272 -5.6463 2.0980 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.5189 -5.9726 3.7741 Cl 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.9903 -4.6817 1.4401 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.6977 -4.4753 0.0988 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
5.3011 -0.1919 -0.9458 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.8099 1.1011 -0.7442 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.1193 3.0497 1.9295 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.7571 4.5058 2.2596 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.6882 5.3885 1.6530 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.6783 5.2898 0.2371 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.0923 3.8800 -0.1877 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1 2 1 0 0 0 0
2 3 1 0 0 0 0
2 23 1 0 0 0 0
2 27 1 0 0 0 0
3 4 2 0 0 0 0
3 22 1 0 0 0 0
4 5 1 0 0 0 0
5 6 2 0 0 0 0
6 7 1 0 0 0 0
6 21 1 0 0 0 0
7 8 1 0 0 0 0
8 9 2 0 0 0 0
8 20 1 0 0 0 0
9 10 1 0 0 0 0
9 13 1 0 0 0 0
10 11 2 0 0 0 0
10 12 1 0 0 0 0
13 14 2 0 0 0 0
14 15 1 0 0 0 0
14 20 1 0 0 0 0
15 16 1 0 0 0 0
16 17 2 0 0 0 0
17 18 1 0 0 0 0
17 19 1 0 0 0 0
19 20 2 0 0 0 0
21 22 2 0 0 0 0
23 24 1 0 0 0 0
24 25 1 0 0 0 0
25 26 1 0 0 0 0
26 27 1 0 0 0 0
M CHG 1 8 1
M END
ファイル3 =BMCL2016_19.sdf
BMCL2016_19
OpenBabel12162112363D
24 26 0 0 0 0 0 0 0 0999 V2000
7.4483 1.0368 0.6595 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
8.0491 0.0940 1.1188 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
8.7614 0.3379 2.0658 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
7.9192 -1.2687 0.5814 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
8.5726 -2.3934 1.0856 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
8.1380 -3.4812 0.3334 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
8.4995 -4.8363 0.4795 N 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
7.8411 -5.6890 -0.4439 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
6.9259 -5.2387 -1.3981 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
6.1791 -6.3752 -2.4701 Cl 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
6.6087 -3.8841 -1.4962 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
7.2318 -3.0081 -0.6162 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
7.1404 -1.6587 -0.4670 N 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
6.2065 -0.8240 -1.2132 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.8399 -0.6829 -0.5536 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
4.5003 -1.3309 0.6427 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.2340 -1.1639 1.2097 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.2730 -0.3639 0.5911 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.9259 -0.1249 1.2502 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.9644 -0.2517 2.6331 F 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.4125 1.1039 0.9805 F 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
0.0346 -1.0091 0.8151 F 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
2.6134 0.3005 -0.5873 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
3.8777 0.1379 -1.1594 C 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1 2 2 0 0 0 0
2 3 1 0 0 0 0
2 4 1 0 0 0 0
4 5 1 0 0 0 0
4 13 2 0 0 0 0
5 6 2 0 0 0 0
6 7 1 0 0 0 0
6 12 1 0 0 0 0
7 8 1 0 0 0 0
8 9 2 0 0 0 0
9 10 1 0 0 0 0
9 11 1 0 0 0 0
11 12 2 0 0 0 0
12 13 1 0 0 0 0
13 14 1 0 0 0 0
14 15 1 0 0 0 0
15 16 2 0 0 0 0
15 24 1 0 0 0 0
16 17 1 0 0 0 0
17 18 2 0 0 0 0
18 19 1 0 0 0 0
18 23 1 0 0 0 0
19 20 1 0 0 0 0
19 21 1 0 0 0 0
19 22 1 0 0 0 0
23 24 2 0 0 0 0
M CHG 1 13 1
M END
誰かがこれを行うためのいくつかのコードを提案できますか？似たようなものが見つかりましたが、何も見つかりませんでした。
よろしくお願いします。
答え1
csplit分割モードを許可し、xxii（テキストxxとii=増加数）という名前の（デフォルト）ファイルを作成します。次のステップは、ファイルを繰り返し、対応する最初の行に名前を変更し、元のファイルを削除することです。
#/bin/bash
csplit --suppress-matched infile.sdf '/\$\$\$\$/' '{*}' &&
for file in xx* ; do
mv "$file" "$(head -n1 "$file")".sdf
done &&
rm infile.sdf
答え2
次のようにしてみてください。
$ perl -lne '
if (/^\s*\$\$\$\$\s*$/) {
$newfile = 1;
next;
};
if ($. == 1 || $newfile) {
open($FH, ">", "$_.sdf") || die "error opening $_.sdf for write: $!\n";
$newfile = 0;
}
print $FH $_;
close(ARGV) if eof' bigfile.sdf
この変数は、$newfile出力ファイル名が入力から抽出され、書き込み用に開かれるかどうかを決定するブールフラグとして使用されます。 $newfile入力ファイルの最初の行と一致する行の後の行ごとに$$$$true残りの時間は偽です。
この行は、各入力ファイルの終わりに行close(ARGV) if eofカウンタ（）をリセットし、スクリプトが複数の入力ファイルを処理できるようにします。$.
注：入力の完全性チェックはありません。このスクリプトは、ファイルの最初の行とその後の最初の行だけが$$$$有効なファイル名であると信じる非常に基本的な高速で汚れたハックです。書き込み用にファイルを開くときにエラーが発生した場合（たとえば、「権限が拒否されました」、「デバイスに残りのスペースがありません」、または他のエラーのため）、少なくとも正常に終了し、エラーメッセージが表示されます。
答え3
awk '
NR == 1 {filename = $0 ".sdf"}
/^\$\$\$\$$/ {getline; filename = $0 ".sdf"}
{print > filename}
' file.sdf
パターンから特殊文字をエスケープする必要があります。\$