GNU sedここで初心者...
次の形式のヘッダーを含む複数のFASTAファイル（50K）があります。
CYTC2889-12|Homo sapiens
下線を追加して
CYTC2889-12|Homo_sapiens
そしてその結果をファイルに書き込みます。
私はmacOSで実行しています。
頑張った
sed -i.bak 's/\s/_/g' file.fas
しかし、これは
>CYTC2889-12|Homo _apien_
似ていますが、正確ではありません。
どんなアイデアがありますか？
答え1
以下を試してください。
sed -i'.bak' 's/[[:space:]]/_/g' file.fas
Linuxを使用しているがGNU sed機能sed -i 's/\s/_/g'しますが、コマンドを使用するとsed --posix -i 's/\s/_/g'機能しません。
したがって、Linuxでposixを使用するには、次のものを使用する必要があります。
sed --posix -i'.bak' 's/[[:space:]]/_/g' file.fas