システム変数はどこに保存されますか？

ローカル環境に設定された値の表示

systemctl show mysqld.service --property=Environment

出力を見て、それを設定できるファイルを見つけます。

systemctl cat mysqld.service     

と.Environment=変数EnvironmentFile=がプレースホルダだけで、その値が空の場合、必ずしもどこにでも設定する必要はありません。