次のコマンドを実行しようとしましたが、エラーが発生しました。
syntax error near unexpected token `do'
注文する:
bsub -q XXX -P YYY -J ZZZ -R "rusage[mem=10000,scr=5000]" -R "span[hosts=1]" -n 2 -o lsf.out -e lsf.er while read -r line; dofilename=$(echo $line | awk '{print $1}'); content=$(echo $line | cut -d ' ' -f 2-); echo "$content" | tr ' ' '\n' > "$filename.txt"; done < input.txt
次のコマンドが正常に実行されます。
while read -r line; dofilename=$(echo $line | awk '{print $1}'); content=$(echo $line | cut -d ' ' -f 2-); echo "$content" | tr ' ' '\n' > "$filename.txt"; done < input.txt
ただし、同じコマンドにオプションを追加するとbsub失敗します。
答え1
前に区切り文字が必要ですwhile。
busb ... -o lsf.out -e lsf.er while read ...
しなければならない
busb ... -o lsf.out -e lsf.er ; while read ...
そしてdofilename=...実際にそうしなければなりませんdo filename=...。
==
bashを使用すると確かに効果があります。
あなたのbsubコマンドやinput.txtファイルがないので...
alias bsub=true
cat >input.txt
foo
bar
baz
^D
それから
$ bsub -q XXX -P YYY -J ZZZ -R "rusage[mem=10000,scr=5000]" -R "span[hosts=1]" -n 2 -o lsf.out -e lsf.er ; while read -r line; do filename=$(echo $line | awk '{print $1}'); content=$(echo $line | cut -d ' ' -f 2-); echo "$content" | tr ' ' '\n' > "$filename.txt"; done < input.txt
$
実行成功。
セミコロンと「do filename」スペースの両方が必要です。