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MacOSが見つかりました：無効なオプション--n

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MacOSが見つかりました：無効なオプション--n

まず、Mac端末とSRAツールキットを初めて使用します。次のコマンドを使用して、SRA Toolkitを使用してNCBIからsraファイルをダウンロードしました。

prefetch -O output_directory --option-file SRR_Acc_List.txt

これは機能しますが、sraファイルをfastqファイルにダウンロードするために使用したいコマンドは機能しません。

find -name \*.sra -exec bsub fastq-dump --split-3 --gzip {} \;

私には、次のエラーが発生します。

find: illegal option -- n
usage: find [-H | -L | -P] [-EXdsx] [-f path] path ... [expression]
       find [-H | -L | -P] [-EXdsx] -f path [path ...] [expression]

答え1

検索するディレクトリ/ファイルを少なくとも1つ提供する必要があります。現在の作業ディレクトリで検索したいとします.。

find . -name '*.sra' -exec bsub fastq-dump --split-3 --gzip {} \;

find通常、Linuxベースのオペレーティングシステム（GNU、busybox、またはtoybox）で見つかった実装はデフォルトfindで現在のディレクトリを使用します（標準ユーティリティのPOSIX仕様では許可されているが必要ではない動作find）。したがって、オンラインで多くの例を見た可能性がありますfind -name ...。

findただし、macOS（FreeBSD）に付属のバージョンでは、find少なくとも1つの検索ディレクトリ/ファイルを明示的に指定する必要がありますfind that-file（find -f that-file後者は任意のファイルパスを渡すことができるBSD拡張ですが、このfind that-fileバージョンは-述語名とまったく同じです。一致します）。

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