入力ファイル
Xm_ABL1 Geneious extracted region 1 168 . + . Name=Extracted region from gi|371443098|gb|JH556762.1|;Extracted interval="3512970000000 -> 3514640000000"
Xm_ABL1 Geneious extracted region 169 334 . + . Name=Extracted region from gi|371443098|gb|JH556762.1|;Extracted interval="3717850000000 -> 3719500000000"
Perlコードの一部
if ($array[1] =~ /extracted region/){
die "No CDS record for $key!\n" unless $metadata->{$key};
(my $label = $array[7]) =~ s/.*region from (.*)\|;.*/$1/;
$label =~ s/\|/_/g;
$group->{$label} ||= {
pos1 => 1e10,
pos2 => 0,
metadata => $metadata->{$key},
sequences => [],
};
(my $pos1, my $arr, my $pos2) = ($array[7]=~/.*interval=\"(\d+) (<?->?) (\d+)\"$/gm);
# capture hi/lo values for group
$group->{$label}->{pos1} = $pos1 if $pos1 < $group->{$label}->{pos1};
$group->{$label}->{pos2} = $pos2 if $pos2 > $group->{$label}->{pos2};
# push this sequence onto the group's array
push(@{ $group->{$label}->{sequences} }, [ $pos1, $pos2, $arrow->{$arr} ]);
}
コード $pos1=3512970000000,3717850000000 & $pos2=3514640000000,3719500000000.私のコードは、$ pos1が10,000より小さい場合は最小値と最大値を見つけるために新しい行を印刷しますが、値が10,0000より大きい場合はpos1の最小値を印刷中にエラーが発生します。 $ pos1の最小値と$ pos2の最大値を見つけるためにデバッグするときにどんな助けでもくれてありがとう。
答え1
$group->{$label}->{pos1}
常に定義されている場合は、6行に初期化します。
pos1 => 1e10,
このようにまではうまく機能します$pos1 <= 1e10
。$group->{$label}->{pos1} = 3512970000000
入力例のように最小値を印刷するには、初期化する必要があります$group->{$label}->{pos1} = -1
(6行目)。
pos1 => -1,
そして13行を次のように修正します。
$group->{$label}->{pos1} = $pos1 if (($group->{$label}->{pos1} < 0) || ($pos1 < $group->{$label}->{pos1}));
答え2
13行目のコードを変更して:defenseを使用してください。
$group->{$label}->{pos1} = $pos1 if ((!defined $group->{$label}->{pos1})
|| ($pos1 < $group->{$label}->{pos1}));