次のファイル名のリストがあります。
./run_results/rat/coding_exons/0.01_100_best.txt ./run_results/mouse/introns/0.01_100_best.txt
rat_coding_exons_0.01_100_best.txtまたは、同じ名前の新しいファイルを作成したいと思います。mouse_introns_0.01_100_best.txt
問題は、これらのファイル名を切り捨てようとすると、cutがそのファイルのすべての行を切り捨て始めるということです（合理的ですが、私が望むわけではありません）。
答え1
cut filename必要なものの代わりにecho filename | cut（つまり、切り取るファイル名を標準入力への入力として渡すこと）
答え2
どのような方法でこれらのファイル名をに渡すかはわかりませんが、cut作業するデータではなくファイル名に渡すようです。
cut ... << 'EOF'
file1
file2
EOF