chr#(異なる染色体番号)に基づいて複数の行を抽出するために、ファイルで次のコマンドを使用しています。これはただ1つのファイルが処理されているものです。私はこのような8つのファイルを持っています。各ファイルに対して、chr(1〜22、次にchrXとchrY)に対してこれを行う必要があります。ループを使用せずに個別に実行していますが、私が見ている場合は、私が作成するすべての出力にヘッダーが残ります。個別に実行すると出力にヘッダーが表示されますが、8つのファイルすべてに対してスクリプトを実行すると(たとえば、スクリプトで8 * 24コマンドを順番に実行すると)、出力にヘッダーはありません。なぜこれが起こるのか教えてください。
#!/bin/sh
#
#$ -N DOC_gatk_chr
#$ -cwd
#$ -e err_DOC_gatk_chr.txt
#$ -o out_DOC_gatk_chr.txt
#$ -S /bin/sh
#$ -M [email protected]
#$ -m bea
#$ -l h_vmem=25G
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr1" > S_313_IPS_S7995.chr1.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr2" > S_313_IPS_S7995.chr2.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr3" > S_313_IPS_S7995.chr3.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr4" > S_313_IPS_S7995.chr4.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr5" > S_313_IPS_S7995.chr5.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr6" > S_313_IPS_S7995.chr6.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr7" > S_313_IPS_S7995.chr7.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr8" > S_313_IPS_S7995.chr8.coverage
more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | head -n1; more S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary | grep "chr9" > S_313_IPS_S7995.chr9.coverage
私はこれをジョブとして実行するためにqsubを使用しているので、スクリプトの構造は次のようになります。コマンドを個別に実行すると機能しますが、これを実行すると出力ファイルにヘッダーが印刷されません。つまり、「;」が認識されないようです。 qsub filename.sh と sh filename.sh を使って実行してみました。 sh filename.shを使用すると、ヘッダーがコンソールに印刷されることがわかりました。したがって、コマンドファイルには ';'前にセミコロンを記録しないでください。この問題をどのように解決できますか?
希望の出力:
Target total_coverage average_coverage IPS_S7995_total_cvg IPS_S7995_mean_cvg IPS_S7995_granular_Q1 IPS_S7995_granular_median IPS_S7995_granular_Q3 IPS_S7995_%_above_15
chr2:41460-41683 14271 63.71 14271 63.71 56 67 79 100.0
chr2:45338-46352 123888 122.06 123888 122.06 79 123 147 94.6
chr2:218731-218983 11653 46.06 11653 46.06 36 50 55 100.0
chr2:224825-225012 12319 65.53 12319 65.53 57 68 76 100.0
chr2:229912-230090 20983 117.22 20983 117.22 93 120 147 100.0
chr2:230947-231137 22386 117.20 22386 117.20 100 120 139 100.0
chr2:233074-233258 11710 63.30 11710 63.30 54 66 73 100.0
chr2:234086-234300 22952 106.75 22952 106.75 91 113 126 100.0
chr2:242747-242922 20496 116.45 20496 116.45 93 124 142 100.0
chr2:243469-243671 27074 133.37 27074 133.37 126 138 148 100.0
しかし、私が得る出力はヘッダーがないよりも低いです。
chr2:41460-41683 14271 63.71 14271 63.71 56 67 79 100.0
chr2:45338-46352 123888 122.06 123888 122.06 79 123 147 94.6
chr2:218731-218983 11653 46.06 11653 46.06 36 50 55 100.0
chr2:224825-225012 12319 65.53 12319 65.53 57 68 76 100.0
chr2:229912-230090 20983 117.22 20983 117.22 93 120 147 100.0
chr2:230947-231137 22386 117.20 22386 117.20 100 120 139 100.0
chr2:233074-233258 11710 63.30 11710 63.30 54 66 73 100.0
chr2:234086-234300 22952 106.75 22952 106.75 91 113 126 100.0
chr2:242747-242922 20496 116.45 20496 116.45 93 124 142 100.0
chr2:243469-243671 27074 133.37 27074 133.37 126 138 148 100.0
答え1
次のようなものが必要です。
{ head -n1 S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary;
grep "chr1" S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary; } >S_313_IPS_S7995.chr1.coverage
または
awk 'NR==1 || /chr1/' S_313_IPS_S7995.coverage.sample_interval_summary >S_313_IPS_S7995.chr1.coverage
問題は、リダイレクトが1つのコマンドにのみ影響することです。リダイレクトに出力を無効にするには、head
グループ化する必要があります。grep
しかし、awk
ここがより良い選択かもしれません。