☰

Unix awkスタートドア

tag-icon • tag-icon awk
Unix awkスタートドア

awkで開始ステートメントを使用しようとしていますが、何とか最初のステートメントが私が望む最初のレコードの代わりに各レコードの先頭に印刷されます。なぜそれがよく分からないのですが、誰かが私のコードにどのような問題があるのか​​教えてくれてありがとう。

awk 'BEGIN { OFS="\t" }{print "MARKER\tCHR\tBP\tEA\tNEA\tEAF\tP\tOR\tSE\tOR_95L\tOR95U\tN\tN_CASES\tN_CONTROLS\tSTRAND\tINFO\tHWE_P\tIMPUTED"}FNR>16 && $45!="NA" && $9>=0.4 { if ($1=="---") print $2,"'"$chr"'",$4,$6,$5,$45,$42,$48,$43,$44,$18,$23,$28,"+",$9,$33,"0" ; else print $2,"'"$chr"'",$4,$6,$5,$45,$42,$48,$43,$44,$18,$23,$28,"+",$9,$33,"1" }' ./out/expected_dcct_1kg_only${chr}_${chunk}.res > ./temp/expected_dcct_1kg_chr${chr}_${chunk}.tmp

私はこの行を見たいです：

マークChr BP .... 1

最初の行にしかありませんが、どういうわけかすべてのレコードに対して印刷されるようです。

以下は出力のスナップショットです。

MARKER  CHR BP  EA  NEA EAF P   OR  SE  OR_95L  OR95U   N   N_CASES N_CONTROLS  STRAND  INFO    HWE_P   IMPUTED
MARKER  CHR BP  EA  NEA EAF P   OR  SE  OR_95L  OR95U   N   N_CASES N_CONTROLS  STRAND  INFO    HWE_P   IMPUTED
MARKER  CHR BP  EA  NEA EAF P   OR  SE  OR_95L  OR95U   N   N_CASES N_CONTROLS  STRAND  INFO    HWE_P   IMPUTED
MARKER  CHR BP  EA  NEA EAF P   OR  SE  OR_95L  OR95U   N   N_CASES N_CONTROLS  STRAND  INFO    HWE_P   IMPUTED
MARKER  CHR BP  EA  NEA EAF P   OR  SE  OR_95L  OR95U   N   N_CASES N_CONTROLS  STRAND  INFO    HWE_P   IMPUTED
MARKER  CHR BP  EA  NEA EAF P   OR  SE  OR_95L  OR95U   N   N_CASES N_CONTROLS  STRAND  INFO    HWE_P   IMPUTED
MARKER  CHR BP  EA  NEA EAF P   OR  SE  OR_95L  OR95U   N   N_CASES N_CONTROLS  STRAND  INFO    HWE_P   IMPUTED
MARKER  CHR BP  EA  NEA EAF P   OR  SE  OR_95L  OR95U   N   N_CASES N_CONTROLS  STRAND  INFO    HWE_P   IMPUTED
MARKER  CHR BP  EA  NEA EAF P   OR  SE  OR_95L  OR95U   N   N_CASES N_CONTROLS  STRAND  INFO    HWE_P   IMPUTED
MARKER  CHR BP  EA  NEA EAF P   OR  SE  OR_95L  OR95U   N   N_CASES N_CONTROLS  STRAND  INFO    HWE_P   IMPUTED
MARKER  CHR BP  EA  NEA EAF P   OR  SE  OR_95L  OR95U   N   N_CASES N_CONTROLS  STRAND  INFO    HWE_P   IMPUTED
MARKER  CHR BP  EA  NEA EAF P   OR  SE  OR_95L  OR95U   N   N_CASES N_CONTROLS  STRAND  INFO    HWE_P   IMPUTED
MARKER  CHR BP  EA  NEA EAF P   OR  SE  OR_95L  OR95U   N   N_CASES N_CONTROLS  STRAND  INFO    HWE_P   IMPUTED
MARKER  CHR BP  EA  NEA EAF P   OR  SE  OR_95L  OR95U   N   N_CASES N_CONTROLS  STRAND  INFO    HWE_P   IMPUTED
MARKER  CHR BP  EA  NEA EAF P   OR  SE  OR_95L  OR95U   N   N_CASES N_CONTROLS  STRAND  INFO    HWE_P   IMPUTED
MARKER  CHR BP  EA  NEA EAF P   OR  SE  OR_95L  OR95U   N   N_CASES N_CONTROLS  STRAND  INFO    HWE_P   IMPUTED
MARKER  CHR BP  EA  NEA EAF P   OR  SE  OR_95L  OR95U   N   N_CASES N_CONTROLS  STRAND  INFO    HWE_P   IMPUTED
rs7002152   8   145000056   C   T   0.937422    0.984021    0.165311    0.71094 1.362   1304    79  1225    +   0.981763    0.309615    0
MARKER  CHR BP  EA  NEA EAF P   OR  SE  OR_95L  OR95U   N   N_CASES N_CONTROLS  STRAND  INFO    HWE_P   IMPUTED

答え1

その理由は、あなたprintがそのブロックにBEGIN。ちなみに、これは通貨に追加する必要がないことを意味します。したがって、必要なものは次のとおりです（わかりやすくするためにフォーマットを少し変更しました）。BEGINOFS="\t""\t"print

awk 'BEGIN { OFS="\t"; 
            print "MARKER", "CHR", "BP", "EA", "NEA","EAF", "P","OR","SE", 
             "OR_95L","OR95U", "N","N_CASES", "N_CONTROLS", "STRAND","INFO", 
             "HWE_P","IMPUTED"
        }
FNR>16 && $45!="NA" && $9>=0.4 { 
    if ($1=="---") print $2,"'"$chr"'",$4,$6, $5,$45,$42,$48, 
                     $43,$44,$18,$23, $28,"+",$9,$33,"0" ; 
    else print $2,"'"$chr"'",$4,$6,$5,$45, $42,$48,$43,$44,$18, 
               $23,$28,"+",$9,$33,"1" 
}' ./out/expected_dcct_1kg_only${chr}_${chunk}.res > \
  ./temp/expected_dcct_1kg_chr${chr}_${chunk}.tmp

答え2

AWKでは、BEGINブロックに含まれるすべてが実際のデータ操作の前に完了していることに注意してください。 BEGINブロックの外側にいくつかのコマンドを入れると、データ処理に影響を与え始めます。

ENDブロックも同様です。 ENDブロックは、すべてのデータ処理が完了した後に実行されます。

関連情報