2つの入力ファイルがあります。のすべての行をすべてFile1
の行と比較する必要がありますFile2
。
ロジックは次のとおりです。
of が一致しない場合
Column1
(その下のすべての値)、行全体がFile1
出力ファイルに出力されます。同様に、 の各値は の各値と比較されます。Column1
File2
File1
Column1
Column1
File2
両方のファイルに一致するエントリがあり、
Column1
値がその値より大きいか小さい場合は、行全体を印刷して、そのようにすべての行を比較できます。Column2
File1
N+10
N-10
N
Column2
File2
File1
File2
File1
:
Contig1 23
Contig1 42
Contig2 68
Contig3 89
Contig3 102
Contig7 79
File2
:
Contig1 40
Contig1 49
Contig3 90
Contig2 90
Contig20 200
Contig1 24
予想出力:
Contig2 68
Contig3 102
Contig7 79
どんな解決策でも、いawk
なくてもsed
可能です。
似たような質問を見つけましたが、どうすればいいかわかりません。
コードは次のとおりです。
`NR==FNR {
lines[NR,"col1"] = $1
lines[NR,"col2"] = $2
lines[NR,"line"] = $0
next
}
(lines[FNR,"col1"] != $1) {
print lines[FNR,"line"]
next
}
(lines[FNR,"col2"]+10 < $2 || lines[FNR,"col2"]-10 > $2) {
print lines[FNR,"line"]
}' file1 file2`
答え1
以下のスクリプトは次のことを行います。私の考えでは、これがあなたが望むものです。
- file1 の contig が file2 にない場合、その contig のすべての行を印刷します。
- file2 に存在する場合は、file1 の各値に対して -10 以上、file2 -10 の対応する contig 値より大きい、または file2 +10 の値より大きい場合にのみ印刷します。
#!/usr/bin/env perl
my (%file1, %file2);
## read file1, the 1st argument
open(F1,"$ARGV[0]");
while(<F1>){
chomp;
## Split the line on whitespace into the @F array.
my @F=split(/\s+/);
## Save all lines in the %file1 hash.
## $F[0] is the contig name and $F[1] the value.
## The hash will store a list of all values
## associated with this contig.
push @{$file1{$F[0]}},$F[1];
}
close(F1);
## read file2, the second argument
open(F2,"$ARGV[1]");
while(<F2>){
## remove newlines
chomp;
## save the fields into array @F
my @F=split(/\s+/);
## Again, save all values associated with each
## contig into the %file2 hash.
push @{$file2{$F[0]}},$F[1];
}
close(F2);
## For each of the contigs in file1
foreach my $contig (keys(%file1)) {
## If this contig exists in file 2
if(defined $file2{$contig}){
## get the list of values for that contig
## in each of the two files
my @f2_vals=@{$file2{$contig}};
my @f1_vals=@{$file1{$contig}};
## For each of file1's values for this contig
val1:foreach my $val1 (@f1_vals) {
## For each of file2's value for this contig
foreach my $val2 (@f2_vals) {
## Skip to the next value from file1 unless
## this one falls within the desired range.
unless(($val1 < $val2-10) || ($val1 > $val2+10)){
next val1;
}
}
## We will only get here if none of the values
## fell within the desired range. If so, we should
## print the value from file1.
print "$contig $val1\n";
}
}
## If this contig is not in file2, print the
## lines from file1. This will print all lines
## from file1 whose contig was not in file2.
else {
print "$contig $_\n" for @{$file1{$contig}}
}
}
テキストファイル(たとえばfoo.pl
)に保存して実行可能にした後(chmod a+x foo.pl
)、次のように実行します。
./foo.pl file1 file2
あなたの例では、以下を返します。
$ foo.pl file1 file2
Contig2 68
Contig3 102
Contig7 79