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homebrew データベースパッケージの破損した Debian パッケージのアーカイブ

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homebrew データベースパッケージの破損した Debian パッケージのアーカイブ

私は、作業を簡単にするために、非常に基本的なDebianパッケージに複数の大規模データベースをパッケージ化することから始めました。しかし今、いくつかの問題に直面しています。ほとんどのデータベースは正常にインストールされますが、最大3つのデータベースは失敗します。

find . -name "*.deb" -exec du -h '{}' \; | sort -h
# These install fine
4.0K    ./hh-suite-data_1.0_all.deb
422M    ./hh-suite-data-env70/package/hh-suite-data-env70_1.0.0_amd64.deb
660M    ./hh-suite-data-env90/package/hh-suite-data-env90_1.0.0_amd64.deb
795M    ./hh-suite-data-env/package/hh-suite-data-env_1.0.0_amd64.deb
1.6G    ./hh-suite-data-scop70/package/hh-suite-data-scop70_1.0.0_amd64.deb
2.6G    ./hh-suite-data-nr70/package/hh-suite-data-nr70_1.0.0_amd64.deb
2.8G    ./hh-suite-data-pfamA/package/hh-suite-data-pfama_1.0.0_amd64.deb
3.2G    ./hh-suite-data-nr90/package/hh-suite-data-nr90_1.0.0_amd64.deb
# These fail to install
4.3G    ./hh-suite-data-nr20/package/hh-suite-data-nr20_1.0.0_amd64.deb
6.2G    ./hh-suite-data-pdb70/package/hh-suite-data-pdb70_1.0.0_amd64.deb
7.4G    ./hh-suite-data-nr/package/hh-suite-data-nr_1.0.0_amd64.deb

失敗は次のとおりです。

sudo dpkg -i package/hh-suite-data-nr20_1.0.0_amd64.deb 
[sudo] password for esr: 
(Reading database ... 276172 files and directories currently installed.)
Unpacking hh-suite-data-nr20 (from .../hh-suite-data-nr20_1.0.0_amd64.deb) ...
dpkg: error processing package/hh-suite-data-nr20_1.0.0_amd64.deb (--install):
 corrupted filesystem tarfile - corrupted package archive
dpkg-deb: error: subprocess paste was killed by signal (Broken pipe)
Errors were encountered while processing:
 package/hh-suite-data-nr20_1.0.0_amd64.deb

私はこれが3.2から4.3Gのファイルサイズのためであると確信しています。

誰でも経験がありますか？非常に大型パッケージと故障モード？なぜこれが起こるのか知っている人がいますか？ tarアーカイブが破損していると信じる理由はありません。パッケージを複数回ビルドしてもインストールすると、このエラーは引き続き表示されます。

wgettar問題を解決するために、実際にデータベースを含めるのではなく、ミラー内のファイルだけでパッケージを再構築しています。

-D10で実行

# This file unpacks fine
D000010: tarobject ti->name='./usr/share/hh-suite-data/pdb70/pdb70_19Oct13_a3m_db.index' mode=100644 owner=0.0 type=48(-) ti->linkname='' namenode='/usr/share/hh-suite-data/pdb70/pdb70_19Oct13_a3m_db.index' flags=2 instead='<none>'
D000010: ensure_pathname_nonexisting `/usr/share/hh-suite-data/pdb70/pdb70_19Oct13_a3m_db.index.dpkg-tmp'
D000010: ensure_pathname_nonexisting `/usr/share/hh-suite-data/pdb70/pdb70_19Oct13_a3m_db.index.dpkg-new'
# This is a 16G file and fails IMMEDIATELY.
D000010: tarobject ti->name='./usr/share/hh-suite-data/pdb70/pdb70_19Oct13_a3m_db' mode=100644 owner=0.0 type=48(-) ti->linkname='' namenode='/usr/share/hh-suite-data/pdb70/pdb70_19Oct13_a3m_db' flags=2 instead='<none>'
D000010: ensure_pathname_nonexisting `/usr/share/hh-suite-data/pdb70/pdb70_19Oct13_a3m_db.dpkg-tmp'
D000010: ensure_pathname_nonexisting `/usr/share/hh-suite-data/pdb70/pdb70_19Oct13_a3m_db.dpkg-new'
dpkg: error processing hh-suite-data-pdb70_1.0.0_amd64.deb (--install):
 corrupted filesystem tarfile - corrupted package archive

-D100で実行

このセクションには2つの項目があります。 1 つは良い項目、1 つは無効な項目、一部は失敗した項目です。私が心配するのは "tarobject file open size=0" ビットです。

D000100: setupvnamevbs main=`/usr/share/hh-suite-data/pdb70/pdb70_19Oct13_a3m_db.index' tmp=`/usr/share/hh-suite-data/pdb70/pdb70_19Oct13_a3m_db.index.dpkg-tmp' new=`/usr/share/hh-suite-data/pdb70/pdb70_19Oct13_a3m_db.index.dpkg-new'
D000100: tarobject already exists
D000100: tarobject file open size=900749
D000100: tarobject nondirectory, `link' backup
D000100: tarobject done and installation deferred
D000100: setupvnamevbs main=`/usr/share/hh-suite-data/pdb70/pdb70_19Oct13_a3m_db' tmp=`/usr/share/hh-suite-data/pdb70/pdb70_19Oct13_a3m_db.dpkg-tmp' new=`/usr/share/hh-suite-data/pdb70/pdb70_19Oct13_a3m_db.dpkg-new'
D000100: tarobject already exists
D000100: tarobject file open size=0
D000100: tarobject nondirectory, `link' backup
D000100: tarobject done and installation deferred
dpkg: error processing hh-suite-data-pdb70_1.0.0_amd64.deb (--install):
 corrupted filesystem tarfile - corrupted package archive
D000100: setupvnamevbs main=`//usr/share/hh-suite-data/pdb70/pdb70_19Oct13_a3m_db' tmp=`//usr/share/hh-suite-data/pdb70/pdb70_19Oct13_a3m_db.dpkg-tmp' new=`//usr/share/hh-suite-data/pdb70/pdb70_19Oct13_a3m_db.dpkg-new'
D000100: cu_installnew restoring atomic
D000100: secure_remove '//usr/share/hh-suite-data/pdb70/pdb70_19Oct13_a3m_db.dpkg-new' unlink OK

答え1

このコマンドの出力を注意深く読んでください。

$ apt-config dump | less

特に、これらのオプションは次のとおりです。

$ apt-config dump|grep bzip
APT::Compressor::bzip2 "";
APT::Compressor::bzip2::Name "bzip2";
APT::Compressor::bzip2::Extension ".bz2";
APT::Compressor::bzip2::Binary "bzip2";
APT::Compressor::bzip2::Cost "3";
APT::Compressor::bzip2::CompressArg "";
APT::Compressor::bzip2::CompressArg:: "-9";
APT::Compressor::bzip2::UncompressArg "";
APT::Compressor::bzip2::UncompressArg:: "-d";
Dir::Bin::bzip2 "/bin/bzip2";

この出力には他の多くの圧縮関連コマンドがあります。私はこれらのツールがあなたが直面しているように見える4GB以上のしきい値よりも大きいファイルを処理できるツールを指すようにします。どちらも64ビットバージョンであることを確認してください。

32ビットと64ビット

私はこれが根本的な原因であると確信しています。この質問に対する私の答えを参照してください。Linuxの32ビット、64ビットCPU動作モード、システムのCPUビット幅、およびオペレーティングシステムのコンパイルアーキテクチャを決定する方法の例です。

オペレーティングシステム

$ getconf LONG_BIT
64

CPU

$ hwinfo --cpu | grep Arch | tail -1
  Arch: X86-64

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