ディレクトリを圧縮する方法

時には、特定のアプリケーションが狂ったように実行され、ディレクトリを多数のファイルで埋めることがあります。エラーを修正してファイルをクリーンアップした後でも、ディレクトリに20〜30個のファイルしかなかったにもかかわらず、ディレクトリはまだ巨大でした（> 50 MB）。

ディレクトリを再生成せずに圧縮するコマンドはありますか？

ボーナスポイント：巨大な空のディレクトリがそのディレクトリのアクセスパフォーマンスに影響しますか？私はそうすると思いますが、おそらく気にする価値はないかもしれません。lsそのようなディレクトリでは、実行が遅くなるようです。