以下に示すように、変更がほとんどなく、他の列もほとんどない同様の最初、2番目、3番目の列を持つ2つのファイルがあります。
ファイル1:
AT1 AT22 24 1 ATAGATA ATTATAT
AT2 AT24 22 0 ATAGATA ATTATAT
AT3 AT23 263 3 ATAGATA ATTATAT
AT4 AT28 252 6 ATAGATA ATTATAT
また、ファイル2から:
AT1 AT22 22 1 ATAGATA ATTATAT
AT3 AT23 265 1 ATAGATA ATTATAT
AT4 AT28 253 1 ATAGATA ATTATAT
出力は、3番目の列に+または-2緩和を適用することによって、これらのファイルを統合して一意にする必要があります。最初の3つの列がこれらの条件と一致する場合は、両方のファイルに4番目の列を追加する必要があり、他のファイルは通常どおりに印刷する必要があります。まるで
AT1 AT22 24 2 ATAGATA ATTATAT
AT2 AT24 22 0 ATAGATA ATTATAT
AT3 AT23 263 4 ATAGATA ATTATAT
AT4 AT28 252 7 ATAGATA ATTATAT
答え1
awk '
NR==FNR {
a[$1,$2] = $3
val[$1,$2] = $4
next
}
($1,$2) in a {
for (n=$3-2; n<=$3+2; n++)
if (a[$1,$2] == n) {
$4+=val[$1,$2]
break
}
}
{print}
' file2 file1
AT1 AT22 24 2 ATAGATA ATTATAT
AT2 AT24 22 0 ATAGATA ATTATAT
AT3 AT23 263 4 ATAGATA ATTATAT
AT4 AT28 252 7 ATAGATA ATTATAT
答え2
これはあなたの要件を満たす必要があります(私のテストケースに関する限り)。
#!/bin/bash
# Concatenating the 2 files and sorting entries
SRC=`cat file1 file2 | sort `
FLAG="OFF"
i=1
while read a b c d e
do
# Need an initial array to start comparing
if [ "$i" -eq "1" ];then
init_vals=( "$a" "$b" "$c" "$d" "$e" )
FLAG="ON"
else
# Start comparing
vals=( "$a" "$b" "$c" "$d" "$e" )
if [[ ${vals[0]} == "${init_vals[0]}" && ${vals[1]} == "${init_vals[1]}" ]]
then
# First and second column are identical, checking in delta on third meet the requirements
delta=`expr ${vals[2]} - ${init_vals[2]}`
if [ "$delta" -ge "-2" -a "$delta" -le "2" ]
then
# It does, adding values on column 4 and keeping other columns
sum_col4=`expr ${vals[3]} + ${init_vals[3]}`
vals=( "${init_vals[0]}" "${init_vals[1]}" "${init_vals[2]}" "$sum_col4" "${init_vals[4]}" )
#This is a tracker, we don't print result until conditions are not met
FLAG="ON"
else
#Delta on column 3 is not met
FLAG="OFF"
fi
else
#Column 1 and 2 are different
FLAG="OFF"
fi
# echo "$FLAG"
if [[ $FLAG != "ON" ]];then
echo ${init_vals[@]}
FLAG="ON"
fi
init_vals=( "${vals[@]}" )
fi
(( i++ ))
done <<< "$SRC"
#Printing last lastline
echo ${init_vals[@]}